Протестанты сумели воспользоваться разгромом дворянства. Одержав военную победу, Гизы потерпели поражение в плане моральном. Жуткие сцены подавления мятежа, запечатленные на гравюрах Тортореля и Периссена, распространились по всей Франции, бродячие торговцы продавали их на каждом шагу, разжигая ненависть к правительству, представленному в образе кровавого тирана. На гравюрах были запечатлены переговоры де Немура с Кастельно и его товарищами и убедительно показано, что Немур нарушил свое слово. Мятежников вешали на балконах замка в Амбуазе, тела их раскачивались прямо перед глазами Франциска II и дам, собравшихся поглазеть на трупы.
Разгром «заговора в Амбуазе» не решил проблемы. На юге волнения продолжались, иконоборцы громили церкви. Все чаще задавался вопрос: кто же подлинный виновник мятежа? Большинство инициатором называло принца Конде. Но когда Конде призвали на королевский совет и прямо спросили его в присутствии герцогов, пэров и рыцарей ордена Святого Михаила, тот с легкостью доказал свою невиновность.
Тем временем перед Гизами встала другая проблема: принцы крови, олицетворявшие легитимность в глазах большинства дворян, являлись угрозой их власти. Оба Бурбона, символизировавшие надежды тех, кто хотел избавиться от Лотарингцев, являлись вполне реальной политической альтернативой нынешним правителям. Вдобавок Гизы знали, что в их изгнание с удовольствием внесет свою лепту коннетабль Монморанси. Представляя отчет Парижскому парламенту о событиях, произошедших в Амбуазе, Монморанси попытался убедить присутствующих, что это простолюдины подняли мятеж против чиновников, подчеркнув, что единственной причиной «волненией в Амбуазе» была дурная политика Лотарингцев.
Тонкий психолог Франсуа де Гиз был уверен, что Конде не сможет долго сопротивляться уговорам протестантов и в конце концов возглавит их партию. Следовательно, необходимо готовиться к войне. Считая войну неизбежной, Гиз начал формировать отряды в Лотарингии, вербовать ландскнехтов и рейтаров в Германии, мобилизовать отряды гасконцев, расквартированные в его губернаторстве в Дофине. Он поставил под ружье гарнизоны в Гиени, Монтаржи и Орлеане, наградил орденом Святого Михаила семнадцать самых верных своих соратников. Но по опыту он хорошо знал, что одной победы на поле боя недостаточно, необходима четко продуманная политическая стратегия. Поэтому Франсуа де Гиз и его брат поддержали предложение протестантского лидера Колиньи собрать в Фонтенбло ассамблею нотаблей. Эта ассамблея отличалась от Генеральных штатов тем, что члены ее назначались королем, а не выбирались в бальяжах или сенешальствах.
