Гизы безжалостно применяли постановления Генриха II против кальвинистов. Они устроили облаву в предместье Сен-Жермен, именуемом «маленькой Женевой», но проживавшие там дворяне-протестанты оказали вооруженное сопротивление. В различных кварталах столицы были произведены обыски и аресты. Демонстрируя всем приверженность политике покойного короля в отношении протестантов, Гизы приказали казнить дю Бура, советника парламента, арестованного при Генрихе И. Казнь эта вызвала многочисленные протесты, однако они не поколебали стремление Лотарингцев подавить протестантское движение. Согласно постановлению, принятому Парижским парламентом 23 декабря 1559 года, все дома, где проходили недозволенные религиозные собрания, должны были быть стерты с лица земли.
Эти карательные меры вызывали недовольство протестантской знати, возмущенной тем, что власть в государстве прибрал к рукам один политический клан. Американский историк Хардинг, изучивший записи государственных секретарей относительно текущих расходов, отметил, что если в 1553 году, во время правления Генриха II, выплаты из королевской казны, сделанные по просьбе Гизов, составили 23%, то в 1560 году, когда оба брата взяли в руки бразды правления, выплаты эти возросли до 74%, а в 1561 году, когда Гизы были вынуждены отойти от власти, процент выплат снизился до 0%. Выплаты, осуществленные в течение этого же времени по просьбам коннетабля Монморанси, составляли от 10% до 0%. После смерти Франциска II королевская казна оказалась во власти Екатерины Медичи, и по ее просьбам из нее было осуществлено 68% выплат. Занимая самые высокие посты в государстве, Гизы распоряжались казной и должностями, щедро черпая из первой и раздавая вторые, и таким образом поощряя друзей, приверженцев и клиентелу.
Большая часть дворян считала сложившееся положение несправедливым, и чувствовала себя обиженнной. Гизов обвиняли в незаконном захвате власти, в том, что, воспользовавшись юным возрастом короля и его неопытностью, они обманом заставили его принять решение в их пользу. Поползли слухи о готовящемся государственном перевороте, многие говорили о необходимости избавить монарха от пагубного влияния Низов. Дворяне-протестанты, давно готовые поднять мятеж, все больше надежд возлагали на принцев крови, и прежде всего на Конде, казавшегося всем естественным главой оппозиции. Сам Конде собирал свидетельства о бесчинствах Низов, и говорил, что Генеральные штаты должны привлечь узурпаторов к суду.
