10 января 1563 года бывшие помощники барона, лейтенанты Монбрен и Муван явились к -своему начальнику, чтобы арестовать его. Барон схватил шпагу и решил дорого продать свою свободу, но когда лейтенанты пообещали, что обращаться с ним будут достойно, он сдался. Сначала Адрета посадили в тюрьму в Романе, а спустя некоторое время перевели в Ним, где он пробыл практически до очередного мира, заключенного 19 марта 1563 года.
Арест барона протестантами расстроил планы герцога Немурского, надеявшегося, что блестящая репутация и кредит доверия, которым наделило барона общественное мнение, позволят ему передать под власть короля Дофине и, быть может, даже города в долине Роны. Разделявшая эту точку зрения королева-мать писала: «В этот час на нашу сторону встал барон дез Адрет, теперь он готов подчиниться королю, моему господину и сыну, и передать ему во власть все те места, кои мятежники заняли в Дофине».
Обеспокоенный тем, как изменилось отношение католиков к барону, штаб протестантов решил снять Адрета со всех ответственных постов, удалить его как с поля боя, так и от стола переговоров. Вначале с узником обходились почтительно, однако со временем к нему стали проявлять меньше уважения. В Романе у него забрали оружие, то есть совершили акт в высшей степени символический по отношению к военачальнику, а затем арестовали все его бумаги. Из Романа барона ненадолго перевели в Монпелье, а затем в крепость в Ниме.
Для ведения процесса по делу барона дез Адрета назначили специальных комиссаров, так как судей он отверг — на том основании, что они «продались его врагам». Обладая рядом привилегий, как по праву рождения, так и в силу своего высокого ранга, барон потребовал, чтобы его судили в Дофине. Он утверждал, что не совершил ничего противозаконного, тем более что в вину ему вменяли всего лишь вступление в переговоры с роялистами, сознательно умалчивая о совершенных по его приказу и при его попустительстве жестокостях, ибо не только он, но и все вокруг знали, что именно его победы, одержанные в особенно тяжкие для протестантов времена, помогли его тогдашним друзьям-реформатам выйти из затруднительного положения. Об этом он также упомянул в беседе с Агриппой д'Обинье.
Проведя в заточении около двух месяцев, он был освобожден на основании Амбуазского эдикта; но положение его было незавидным, ибо жизни его явно угрожала опасность. Говоря словами Теодора де Беза, он получил свободу «без прощения и без приговора». Так как при освобождении ему не вернули отобранные у него после ареста бумаги, он потребовал правосудия у Гренобльского парламента, того самого, на который он сначала нагнал страху, а потом уладил дело миром. Советники парламента постановили удовлетворить все требования барона. Надо сказать, ходившие о нем легенды стали оборачиваться ему на пользу. Даже Рим опасался его набегов. В течение нескольких месяцев он был подлинным владыкой юго-востока Франции. Но могущество барона за несколько дней рассыпалось в прах. Брантом, посвятивший ему несколько строк, полагал, что, изменив партии протестантов, барон утратил доверие населения, и констатировал, что «барон никогда не был достаточно хорош ни для католиков, ни для гугенотов».
