К вечеру противник продвинулся еще на 3 км в юго-восточном направлении. Складывалась опасная ситуация: этот прорыв давал потенциальную возможность румынским войскам быстро продвигаться дальше на юг – в сторону Беляевки и на юго-восток – в направлении Одессы. Здесь подступы к городу были слабо укреплены и отсутствовали части второго эшелона и резервы.
Первые оборонные бои за Одессу показали ряд существенных недостатков в обороне, которая страдала от разобщенности армейского и флотского командования. Между генералом Г.П. Софроновым и контр-адмиралом Г.В. Жуковым в горячие дни обороны 7–17 августа возникали спонтанные стычки, перебранки, что вылилось в «перетягивание каната» и в конкуренцию двух военных структур. Г.В. Жуков подозревал, что сухопутное командование делает все, чтобы «провалить» оборону Одессы. Эти соображения подкреплялись «отступленческими» настроениями командарма Г.П. Софронова 5–7 августа и «странными» действиями армейского командования 16–17 августа, когда из Одессы морем стали вывозиться вооружение и бойцы. Как реакция на подобные действия прозвучала радиограмма, направленная в адрес Одесского обкома партии за подписью секретаря ЦК КП(б)У М.А. Бурмистенко, с требованием: «Одессу оборонять во что бы то ни стало».
Усложнилось управление Приморской армией со стороны Военных советов Южного фронта и Юго-Западного направления, а также организация их взаимодействия с Черноморским флотом. Исходя из этого главнокомандующий Юго-Западным направлением С.М. Буденный обратился 16 августа в Ставку Верховного главнокомандования с предложением: «Приморскую армию переподчинить командующему Черноморским флотом и назначить в помощь последнему командира по наземным войскам». Это предложение, как показал дальнейший ход событий, было принято Ставкой во внимание.
17 августа произошел серьезный конфликт между командованием Приморской армии и морскими начальниками Одесской военной базы. Командир 2-го дивизиона эскадренных миноносцев, находившийся на эсминце «Беспощадный» в конвое транспортов, вышедшем 16 августа из Одессы, донес командующему Черноморским флотом, что он считает необходимым задержать транспорты «Армения» и «Кубань» и учебное судно «Днепр» из-за наличия на них более 100 бойцов, «сбежавших с фронта». Командующий ЧФ приказал: транспорты ввести в Казачью бухту Севастополя, задержать суда и, организовав немедленное обследование этих транспортов, снять дезертиров.
