Соединения дальнебомбардировочной авиации были приведены в боевую готовность с утра, однако боевую задачу получили только к обеду. Так как они подчинялись непосредственно главному командованию ВВС РККА, сыграла свою роль довольно сложная организация системы связи и обычная штабная волокита. Для участия в боях первоначально выделили только 3-й авиакорпус ДБА полковника Н.С. Скрипко и два полка 18-й авиадивизии. Около 10 часов утра состоялся телефонный разговор Скрипко с командующим ВВС П.Ф. Жигаревым. В сильном возбуждении Жигарев настойчиво потребовал задержать продвижение немецких моторизованных колонн в районе сувалкинского выступа. Однако на просьбу Скрипко поддержать действия бомбардировщиков истребителями он никакого ответа не дал, сославшись на отсутствие связи с Минском. Вскоре в штаб 3-го ДБАК поступила телеграмма от командующего ВВС Западного фронта И.И. Копца, которая гласила: «Уничтожать мотомехвойска противника в двух районах — Сувалки, Сейны, Августов, Квитемотис и Седлец, Янов, Луков; тяжелобомбардировочным авиаполкам — 3-му тяжелому авиаполку одиночными ночными налетами разрушить склады в районе Сувалки и сувалковского выступа, 1-му тяжелому авиаполку одиночными налетами уничтожить матчасть самолетов противника на аэродромах Соколов, Седлец, Луков, Бяла-Подляска; 212 дбап в течение 22–23.6.41 г. ночными налетами уничтожать авиационные заводы в Кёнигсберге». Последнюю задачу 212-му авиаполку вскоре отменили.
Первыми в 15: 40 22 июня начали взлетать дальние бомбардировщики из состава 96-го и 207-го ДБАП 42-й авиадивизии. Всего из этих двух полков удалось поднять в воздух 39 самолетов, которые эскадрильями и звеньями отправились бомбить цели в районах Мерканс, Лептуны, Сувалки, Сейны, Августов и Квитемотис. Полчаса спустя в южном направлении по маршруту Осиповичи, Пружаны, Янов вылетел 31 бомбардировщик из 98-го ДБАП 52-й авиадивизии. Никаких конкретных указаний относительно целей экипажи не получили и поэтому вели поиск врага самостоятельно. Замеченные колонны прицельно бомбили с высоты 1000–1500 м при сильном огне зенитной артиллерии, а, кроме того, многим подразделениям пришлось вести бои еще с вражескими истребителями. Поэтому потери оказались тяжелыми: из 70 ДБ-3 на свои аэродромы не вернулись 22 самолета. Во многих экипажах были убитые и раненые, и из-за нехватки санитарных машин для их перевозки использовались бортовые грузовики. Сильно поврежденные бомбардировщики стаскивали со взлетно-посадочной полосы тракторами. Следует отметить, что на следующий день возвратилось назад еще несколько самолетов — из-за повреждений или потери ориентировки они вынуждены были вначале приземлиться на «чужих» аэродромах.
