На универсальной основе религиозности возникает религия или религиозное учение как мировоззренческая система. В отличие от естественной религиозности, религия сужает и дифференцирует эту основу, придает ей определенную конкретную форму, нарушая ее изначальную целостность. Но религиозное учение дает возможность более четко осознать связь с Высшим, формирует практику и средства этой связи, совершенствует методы познания окружающей действительности. Религия, или, точнее, религиозное учение, вместе с философией, возникшей на ее основе, есть инструмент познания окружающего мира такой же, как и наука. Однако средства познания, практикуемые в науке, и ее методы отличаются от религиозных.
В истории человечества существовал период, когда религия и наука представляли собой целостное явление. По мере усиления энергетических процессов дифференциации, пути науки и религии расходились, и каждое составляющее этого культурного целого стало приобретать свои конкретные качества. Со временем это расхождение, в силу определенных исторических условий, приобрело характер противостояния. Произошло это уже на третьем уровне религиозного сознания, когда на основе учения возникли различные конфессии. Всем известно, что в христианстве существуют различные церкви: православная, католическая, протестантская, баптистская и др. Религиозные войны и вражда зарождались на уровне конфессий, как внутри них, так и вне их. Конфессиональное сознание сузило значительно пространство самого учения, а вместе с тем и пространство религиозного сознания. Дифференциация углубилась, а сама церковь и ее иерархи, отойдя от проблем Высшего, занялись чисто земными, материальными делами. Конфессиональное обустройство жизни, особенно в Средние века, усилило тоталитарный образ мышления и привело к конфронтации с отделившейся наукой на уровне «конфессия — свобода мысли». Развивающаяся наука требовала свободы мысли как главного условия ее существования. Церковь с ее догмами и отжившими традициями противостояла этой свободе. История такого противостояния вписала не одну драматическую страницу в историю культуры человечества. Инквизиция преследовала вольнодумцев, для которых церковные каноны становились цепями. Застенки и костры сопровождали крупные научные открытия. Со временем это привело к еще большему разъединению науки и религии. В результате к XVIII веку, веку свободомыслия и французских энциклопедистов, сформировалась экспериментальная, грубо материалистическая наука, которая отрицала существование Духа, Бога и не принимала в расчет религию. Конфессиональное сознание «обезбожило» и лишило науку духовности, оторвало ее от нравственных постулатов и этического мышления. Последнее самым трагическим образом сказалось на науке XX века.
