Ионийский мятеж зажег пламя и в материковой Греции. Продолжительный конфликт персов с греками вылился в ряд всемирно известных сражений: при Марафоне (490 до н. э.), при Фермопилах (480 до н. э.) и при Саламине (недалеко от Пирея, 480 до н. э.). Битва при Марафоне была проиграна Дарием, его сын Ксеркс I (библейский Ахашверош, 485—465 до н. э.) потерпел поражение при Фермопилах и Саламине. Последняя битва происходила на море, ядро персидского флота составляли финикийские корабли. Греческие историки и поэты прославляли победы своих соотечественников, вознося погибших в ранг бессмертных национальных героев. В их глазах это был смертельный бой между эллинской свободой и демократией и восточным деспотизмом. Ради справедливости следует отметить, что на тот момент культура персов была не менее развитой, чем эллинская, а персидская религия стояла гораздо выше олимпийского пантеона.
Для державы Дария была характерна сильно централизованная и высокоэффективная система управления. Вавилон и Египет находились под прямой властью царя. Остальные царства были поделены на провинции (сатрапии), которыми управляли персидские наместники, оставляя, однако, местному населению некоторую долю автономии. Отношение к культуре автохтонного населения было весьма терпимым, персы не стремились насаждать свой язык и религию на территории всей империи. Правители более ранних держав, в частности Ассирийской, подчас безжалостно расправлялись с покоренными или взбунтовавшимися городами, в поддержании своей власти опираясь на силу оружия. Персы же относились к врагам более гуманно, выказывая удивительную заботу о благополучии и безопасности всех своих подданных. В это время в обиход вошли чеканные монеты, улучшились коммуникации, была организована почтовая служба. Процветанию международной торговли способствовало повсеместное распространение арамейского языка, ставшего своего рода lingua franca купеческого сословия. К этому времени на ниве международной торговли арамеи уже сменили финикийцев. Кроме того, арамейский язык использовался персидскими чиновниками в качестве официального языка делопроизводства. Персидские цари отошли от ассиро-вавилонской традиции переселения гипотетических бунтовщиков. В 445 г. до н. э. иудеям было разрешено покинуть Вавилон и вернуться под власть Неемии.
Основанная Киром, расширенная и объединенная Дарием, персидская держава начала давать трещины сразу после смерти Ксеркса. Продолжились столкновения с греками. Вырождение правящей династии, коррупция при дворе и гаремные интриги подстегивали честолюбивых сатрапов более жестко управлять своими подданными. В Египте и ряде финикийских городов вспыхнули мятежи. В 336 г. до н. э. с помощью евнуха, убившего его предшественника, трон захватил Дарий III. Этот царь правил шесть лет, пока не потерпел сокрушительное поражение от пришедшего с запада завоевателя, Александра Македонского.
