Являлся участником Архиерейского Собора, посвященного 400-летию восстановления Патриаршества (октябрь 1989) и внеочередного Архиерейского Собора 30–31 января 1990 г., а также Поместных Соборов 6—10 июня 1990 г., 27–29 января 2009 г. Архиерейских Соборов 25–26 октября 1991 г.; 31 марта – 4 апреля 1992 г.; 11 июня 1992 г.; 29 ноября – 2 декабря 1994 г.; 18–23 февраля 1997 г.; 13–16 августа 2000 г.; 3–6 октября 2004 г., 24–29 июня 2008 г.
Председательствовал на Архиерейских (2009 г., 2010 г.) и Поместном (2009 г.) Соборах, на остальных являлся председателем Редакционной комиссии.
Представлял Русскую Православную Церковь в комиссиях по выработке Закона РСФСР «О свободе вероисповеданий» от 25 октября 1990 г. и Федерального закона Российской Федерации «О свободе совести и о религиозных объединениях» от 26 сентября 1997 г.
Принимал участие в выработке церковной позиции и миротворческих акциях во время событий августа 1991 г. и октября 1993 г.
Был одним из инициаторов создания Всемирного Русского Народного Собора в 1993 г. Принимал участие в составлении и выступал с основными докладами на Соборах (1993–2008 гг.). Со времени избрания на Патриарший престол является Председателем ВРНС (с 2009 г.).
В качестве Председателя Комиссии Священного Синода по возрождению религиозно-нравственного воспитания и благотворительности инициировал создание Синодальных отделов по религиозному образованию, по социальному служению и благотворительности, по взаимодействию с Вооруженными силами и правоохранительными органами. Являлся автором Концепции по возрождению благотворительности и религиозного образования, принятой Священным Синодом 30 января 1991 г.
Разработал и представил на утверждение Священного Синода «Концепцию взаимодействия Русской Православной Церкви с Вооруженными силами» в 1994 г.
С 1996 по 2000 г. руководил разработкой и представил Юбилейному Архиерейскому Собору 2000 г. «Основы социальной концепции Русской Православной Церкви».
Принимал активное участие в нормализации церковного положения в Эстонии. В связи с этим посетил Антиохийский и Иерусалимский Патриархаты (поездки в Ливан, Сирию, Иорданию и Израиль в 1996 г.), а также участвовал в переговорах с представителями Константинопольского Патриархата в г. Цюрихе (Швейцария) в марте и дважды в апреле 1996 г., в Фессалониках, Таллине и Афинах (1996 г.), в Одессе (1997 г.), в Женеве (1998 г.), в Москве, Женеве и Цюрихе (2000 г.), в Вене, Берлине и Цюрихе (2001 г.), в Москве и Стамбуле (2003 г.). В этой же связи неоднократно посещал Эстонию, где вел переговоры с представителями правительства, депутатами парламента и деловыми кругами этой страны.
