Почивший Святейший Патриарх не раз подчеркивал, что главной задачей, стоящей перед Русской Церковью сегодня, является возрождение человеческих душ, очищение человеческих сердец, приобщение людей к вечным духовным ценностям Православия. В условиях общества, которому в течение многих десятилетий жестко навязывалось безбожие, Церкви предстояло прежде всего возродить миссионерское служение среди собственного народа. Вопросам миссии был посвящен Архиерейский Собор 1994 года, который принял определение «О православной миссии в современном мире», а также ответил на поставленные временем вопросы о противодействии сектантству, неоязычеству и оккультизму. Вскоре началась деятельность специального Синодального отдела, была создана семинария с миссионерской направленностью. Миссионерские структуры появились во многих епархиях. Стали уже привычным явлением поездки священнослужителей и мирян, в том числе студентов православных учебных заведений, в отдаленные регионы, где люди особо нуждаются в слове Божием и голосе Церкви. В 2007 году Священный Синод принял Концепцию миссионерской деятельности Русской Православной Церкви, позднее одобренную Архиерейским Собором.
Особое внимание уделялось свидетельству о Православии в молодежной среде. Стали традиционными ежегодные мероприятия – Молодежные Рождественские чтения, фестиваль молодежи и студентов «Обретенное поколение», всероссийский молодежный лагерь «Феодоровский городок», фестиваль авторской песни «Исповедь сердца», Георгиевский парад Братства православных следопытов.
Отдельно следует сказать о миссии и пастырской работе в среде военнослужащих и сотрудников правоохранительных органов, а также в местах заключения. В 2008 году число пастырей, несущих это служение, превысило 2 тыс. человек. Во многих войсковых частях и подразделениях построены храмы или часовни, организованы молитвенные комнаты. Всего сейчас существует более тысячи таких мест для богослужений и молитвы.
После распада СССР и падения «железного занавеса» начала увеличиваться диаспора Московского Патриархата. В настоящее время она, по оценочным данным, составляет около 30 млн человек. Соотечественники, оказавшиеся вдали от Родины, чувствуют особую потребность в духовном утешении и пастырской заботе. Ответом на эту нужду стало открытие в различных странах многих новых приходов, которые объединяют людей не только в церковном, но и в культурном отношении. Помимо прочих, в дальнем зарубежье существуют приходы, состоящие в большинстве своем из представителей украинской или молдавской православных диаспор, куда направляются священнослужители из Украины и Молдовы по представлению Блаженнейшего митрополита Киевского и всея Украины Владимира и Высокопреосвященного митрополита Кишиневского и всея Молдовы Владимира. За минувшие 18 лет количество церковных учреждений Московского Патриархата в дальнем зарубежье значительно возросло и составляет сегодня более 330 приходов и монастырей, а также 90 воскресных школ в 51 стране мира. Вместе с приходами Русской Зарубежной Церкви эти приходы образуют единое целое, они составляют пастырскую структуру Московского Патриархата.
