За три года Патриаршего служения (2009–2011 гг.) совершил 79 визитов в 49 епархий, в 12 из них – неоднократно. За этот период были образованы: Межсоборное присутствие Русской Православной Церкви (2009 г.), Высший Церковный Совет Русской Православной Церкви (2011 г.), ряд синодальных и общецерковных учреждений, Общецерковная аспирантура и докторантура им. святых равноапостольных Кирилла и Мефодия (2009 г.), 47 новых епархий, 16 митрополий, Среднеазиатский митрополичий округ (2011 г.), викариатства в Московской епархии (2011 г.).
Были подписаны соглашения о сотрудничестве между РПЦ и следующими организациями: фондом «Русский мир» (2009 г.); Российской академией государственной службы (2009 г.); Счетной палатой РФ (2010 г.); МЧС (2010 г.); Государственным антинаркотическим комитетом (2010 г.); Федеральной службой исполнения наказаний России (2011 г.); Министерством здравоохранения и социального развития РФ (2011 г.); Федеральной таможенной службой России (2011 г.).
В 2009 г. предпринята реформа центральных органов церковного управления. Принципиально реорганизована деятельность Управления делами Московской Патриархии, уточнена сфера деятельности Отдела внешних церковных связей, созданы новые синодальные отделы, разведены функции Издательского Совета Русской Православной Церкви и Издательства Московской Патриархии, проведена аналитическая работа по формулированию необходимых изменений в структуре Учебного комитета при Священном Синоде и в целом в системе духовного образования. Активизирована деятельность Общецерковного суда.
В 2010 г. обновлен устав Синодального отдела по церковной благотворительности и социальному служению, уточнены полномочия и структуры Управления делами Московской Патриархии и Синодальной комиссии по делам монастырей; Секретариат по зарубежным учреждениям преобразован в Управление Московской Патриархии. Активизирована деятельность Митрополичьего округа в Республике Казахстан: приняты его Устав и Внутреннее положение, образованы новые епархии в этой стране.
В 2011 г. принят ряд документов по социальной, миссионерской работе, религиозно-образовательному и катехизическому служению в РПЦ. Совещание руководителей синодальных учреждений преобразовано в Высший Церковный Совет с подчинением этого органа Патриарху и Священному Синоду. Для координации деятельности епархий, находящихся в одном субъекте Российской Федерации, образованы митрополии.
Святейший Патриарх Кирилл награжден орденами Русской Православной Церкви, а также орденами Александрийской, Антиохийской, Иерусалимской, Грузинской, Сербской, Болгарской, Элладской, Польской, Чешских земель и Словакии, Американской и Финляндской Православных Церквей.
