Церковь Рождества Богородицы была выстроена в 1396 г. А в 1480 г. эта церковь, надстроенная над храмом Святого Лазаря, внезапно обрушилась и находилась в таком положении до 1514 г.
Сам Иван III умер в 1505 г., и на престол встал его сын — князь Василий III. Если он и знал про библиотеку своего отца, то не предпринял для ее спасения ничего, так как был не в ладах с отцом и жил со своей семьей отдельно. Те же, кто был более осведомлен об этом вопросе: сама Софья, ее брат Андрей и прочие, уже умерли и не могли ничего сообщить о ее местонахождении.
В 1514 г. князь Василий решил восстановить церковь Рождества Богородицы. Началось строительство под руководством архитектора Алевиза Фрязина. Во время восстановительных работ были обследованы и подвалы церкви Святого Лазаря, засыпанной обломками. Тогда же были обнаружены и глухие сводчатые подвалы, где находились сложенные в лари древние книги, лежавшие там без всякой надобности. Книги были в страшной пыли, они ведь хранились не в сундуках, а открыто. Но они были целы, так как в подвале было сухо, и лишь с потолка сыпалась сероватая каменная пыль. Книг было очень много, поскольку там они собирались со времен Дмитрия Донского.
Когда библиотеку показали князю, то он приказал найти ученого человека, способного перевести несколько богослужебных латинских и греческих книг на русский язык. В том же году были посланы в Европу грамоты с просьбой: найти и прислать такого ученого человека. Им оказался Максим Грек. Он прибыл в Москву в 1518 г. Когда его препроводили в подвалы и показали книги, он воскликнул: "Государь! Вся Греция не имеет ныне такого богатства!"
Естественно, что Василий III поручил ему работу по восстановлению порядка в книжном хозяйстве и переводу избранных трудов. То есть он стал первым на Руси библиотекарем. Трудился Максим Грек в княжеской библиотеке 8 лет. За это время он, кроме всего, составил и каталог находившихся в библиотеке книг. Каталог тот до сих пор не найден, поскольку, скорее всего, он хранился в архиве Ивана Грозного. Переводами он тоже занимался. За полтора года он перевел "Толковый Псалтырь", причем работал не один, а с тремя помощниками. Затем он перевел "Триоди".
Князя Василия, прежде всего, интересовали церковные и богослужебные книги. Большинство прочих книг, привезенных Софьей, его просто либо не интересовали, либо языки, на которых они были написаны, Греку не были известны. Так продолжалось до 1526 г. Неизвестно, за какие прегрешения, но библиотекарь попал в опалу и был сослан в Псковский монастырь и заключен в келью. Поскольку заниматься книгами стало некому, а своих грамотеев не хватало, то князь приказал вновь замуровать подвал с совершенно бесполезными книгами, что и было незамедлительно сделано. Со временем про подвалы все позабыли и не вспоминали аж до 1553 г.
