Въезд в страну назначения и устройство на жительство прошли нормально. Труднее было с организацией прикрытия: пришлось профессию радиотехника сменить на профессию свободного художника. Создав дома некое подобие студии, Вилли стал заниматься живописью, одновременно вел подготовку к организации оперативной работы: оборудовал радио квартиру, приступил к сборке радиопередатчика.
Однако по неизвестным причинам была прервана и эта командировка, и семья Фишеров возвратилась в Москву. Вилли получил очередное повышение, ему было присвоено звание лейтенанта государственной безопасности.
Новый, 1939 год принес Вилли неожиданную весть: ему объявили, что руководство НКВД СССР приняло решение об освобождении его от работы в органах. Это был тяжелый удар для Вилли. Коллеги пытались успокоить его, объясняя, что дело не в нем, не в его недостатках или промахах, а в особенностях переживаемого момента. Они высказали надежду, что времена переменятся и его опыт еще пригодится. Вилли ничего не оставалось делать, как вернуться к гражданской профессии. Но и здесь его поджидали непреодолимые трудности. Пять месяцев упорных поисков работы не увенчались успехом. Как только его документы попадали в руки работников отдела кадров, тут же следовал отказ со ссылкой на различные предлоги. Убедившись в бесполезности дальнейших поисков и чувствуя острую несправедливость по отношению к себе, он решился на крайнюю меру — обратился с письмом в ЦК ВКП(б). Ответ был положительным, и Вилли был принят во Всесоюзную торговую палату, позже он перешел на авиапромышленный завод, где проработал до начала Великой Отечественной войны.
В сентябре 1941 года с Вилли встретился сотрудник органов госбезопасности и предложил вернуться в НКВД. Нелегко было решиться принять это предложение, но его убедили, что обстановка в органах сейчас иная и его опасения совершенно излишни. Вилли был зачислен во вновь созданное подразделение, занимавшееся организацией боевых разведывательно-диверсионных групп и партизанских отрядов в тылу врага. Начались дни упорной, напряженной работы, требовавшей отдачи всех сил, опыта, знаний.
В «холостяцкой» квартире Вилли (семья эвакуировалась в Куйбышев) нашел временный приют его близкий друг, товарищ по работе Рудольф Иванович Абель, которому впоследствии суждено было стать двойником Фишера, когда тот попал в американскую тюрьму.
Вскоре после окончания войны Вильям Генрихович вновь становится сотрудником внешней разведки органов государственной безопасности СССР.
