Будучи стесненным своим общественным положением, Прокопович имел относительно ограниченные возможности для официальной критики православной церкви, ее обрядов и церемоний. Поэтому в написанных им анонимных сочинениях он предпочитает выступать от лица протестанта.
Социальной силой, с которой Прокопович связывает невежество и суеверие, веру в чудодейственную силу икон, мощей, пустых обрядов, является духовенство. Называя его представителей лицемерами и «недоученными латынщиками», Феофан показывает, что именно они «видения сказуют, аки бы шпионами к богу ходили, притворныя повести, то есть бабия басни бают, заповеди бездельныя, хранения суеверныя кладут и так безстыдно лгут, яко стыдно бы воистинну и просто человеком, не точно честным нарещися тому, кто бы так безумным расказщикам верил…» (45, ч. II, 16).
Мысль о борьбе просвещения с невежеством, защищаемым духовенством, проходит через все произведения мыслителя. К ней он обращается и в своем лекционном курсе, прочитанном в киевской академии, особенно в «Риторике». Рассматривая и высмеивая различного рода чудеса, описанные историками церкви, и деяния святых, Прокопович замечает, что «именно выдающиеся проповедники, когда уже ничего другого не могли сделать, стремились запугать народ вымышленными ужасами» (55, 150 об.). В этом же лекционном курсе Феофан предпринимает весьма смелую для того времени попытку морального развенчивания церковников — сторонников невежества и суеверия, изображая их как лицемеров, обманщиков, обжор, пьяниц, развратников. Та часть риторики, где речь идет преимущественно о католическом духовенстве и иезуитах, позже была доработана автором и издана под названием «Описание иезуитов»(«Descriptio iesuitarum») (57). В этом произведении Прокопович обличает методы деятельности иезуитов по насаждению унии, по вербовке верующих, вскрывает их обманные способы фабрикации чудес.
Особую остроту идея борьбы просвещения с невежеством приобретает в «Духовном регламенте», в котором она «превратилась в страстный сатирический памфлет против невежественного духовенства и в не менее страстный гимн просвещения» (90, 390). Характеризуя церковника — реакционера и невежду, Прокопович уподобляет его саранче, которая имеет большое чрево и малые крылья. «Слуги архиерейские обычно бывают лакомые скотины», говорит Феофан, и при наездах они «как татаре на похищение устремляются» (10, 70). Подобными мотивами пронизано и большинство сочинений ближайших единомышленников Прокоповича — Антиоха Кантемира и Василия Татищева, которые, как и Феофан, выступали горячими сторонниками просвещения, врагами невежества и суеверия, но так же, как и он, еще не дошли до отрицания с позиций науки религии вообще.
