Заслуга Прокоповича, как и всей «ученой дружины», состоит не только в теоретическом обосновании необходимости просвещения для России, но и в практической деятельности. Он принимает активное участие в организации школ, семинарий, типографий, библиотек, в создании учебных пособий, театра, произведений искусства. Пожалуй, самой яркой чертой этой деятельности является ее антисхоластическая направленность. Говоря о необходимости образования, он имеет в виду отнюдь не схоластическую школу, основанную на авторитаризме, догматизме, комментаторстве, в которой все учения «в великой скудости и неискусстве были».
В отличие от схоластической школы, требовавшей зазубривания сочинений авторитетов, Прокопович ориентируется на самостоятельность мышления — «любопытство», на свободную критику, обширные знания всей предшествующей духовной культуры человечества. Подобно мыслителям Возрождения, он особенно ценит знание античных первоисточников, понимая, что каждая новая эпоха и каждая новая проблема дают их новое, все более богатое видение.
Отличаясь широтой взглядов, Прокопович не может мириться с теми запретами, которые налагались на изучение культуры язычников и народов других вероисповеданий церковными авторитетами. Научные открытия, технические усовершенствования, по его мнению, должны принадлежать всему человечеству, всем странам без различия вероисповеданий и быть основой их процветания. «Поступательный разум научных исследований — единый», — говорит Прокопович.
Подлинно просвещенным, по мнению Феофана, можно назвать только того человека, который не ограничивается знанием христианских авторов, но свободно ориентируется в культурных достижениях народов различных вероисповеданий, как восточных, так и западных. Религиозная и национальная нетерпимость или ограниченность чужды Прокоповичу. По свидетельству Байера, он любил говорить, что, «когда пьешь доброе вино, не спрашивай, откуда оно, а у честного человека — о его религии и происхождении».
Провозглашая религиозную терпимость, Прокопович стремится синтезировать западную и восточную культуры. Он одним из первых среди русских мыслителей обращает внимание на необходимость более глубокого изучения философии, истории, литературы восточных народов. В частности, он поощряет к этому академика Санкт-Петербургской академии наук Т. Г. З. Байера, который выполнил обширное исследование по географии, истории, культуре Китая. Посвятив его Феофану, Байер выражал восхищение многогранностью знаний своего друга. Действительно, в своих произведениях Прокопович не только ссылается на сочинения Авиценны, Аверроэса и других восточных мыслителей, но и неоднократно обращается к культуре народов Индии, Китая, Египта, Ближнего Востока, Греции, Турции и др. Его библиотека включает изданный Лютером малый катехизис на арабском языке, а также множество пособий и словарей для изучения сирийского, халдейского, арабского и древнееврейского (гебрейского) языков. Немало учеников и последователей мыслителя, в том числе Симон Тодорский и Василий Григорович-Барский, которым он прививал глубокое уважение к древней восточной культуре, стали известными ориенталистами.
