Будучи идеологом просвещенного абсолютизма, Прокопович видит в науке основное средство для достижения мощи и процветания российского государства, развития мануфактур и ремесел, благосостояния и «беспечалия» его граждан. Тема борьбы знания, науки с невежеством и суеверием является главной как в его произведениях, так и в сочинениях его ближайших сподвижников — Татищева, Кантемира, Бужинского. При этом, начиная с «Владимира», через все его произведения последовательно проводится одна и та же мысль — носителем и поборником идеи развития науки и просвещения является светское государство, а сторонниками невежества, суеверия и лицемерия — духовенство, которое насаждает их с целью личного обогащения. Эта мысль не только не соответствовала интересам духовного сословия, к которому принадлежал Прокопович, но была прямо направлена против него. Подобные явления не столь уж редки. Напомним, что Николай Кузанский был кардиналом, Коперник — каноником, Джордано Бруно — монахом, но именно они подняли восстание против освящаемого церковью теологического мировоззрения и пробили в нем первую брешь. И если автор «Папского приговора Галилею» и «Светской песни» по воле царя стал церковным иерархом, то это случилось потому, что, зная его враждебное отношение к боярско-церковным кругам, ненависть и презрение к духовенству, Петр I решил использовать его как для подавления церковной оппозиции, так и для насаждения наук и развития учебных заведений в России.
Подобно другим отечественным мыслителям XVII — начала XVIII в., Прокопович считал, что живое обладает по меньшей мере тремя свойствами: вегетативностью, включающей питание, рост, размножение (общие растениям, животным и человеку); чувствительностью, имеющейся у животных и человека; разумностью, присущей только человеку. При этом он не отрицал, что зачатки рассудка есть и у животных. «Вы увидите, — говорит он, обращаясь к своим слушателям, — у многих животных признаки… рассудительности» (61, 95 об.). В защиту этого положения в «Натурфилософии» Феофан приводит целый ряд аргументов. Однако он не соглашается с мнением тех мыслителей, которые полагали, что у животных есть также и разум. Единообразие действий животных, видовые свойства их поведения и его целесообразность Прокопович объясняет через инстинкт. С его помощью, говорит он, животные распознают вредное и полезное для них и соответственно стремятся к нему или избегают. Инстинкт определяется им как действие воображения, возбуждаемого чувственными знаками, получаемыми от объектов. Он действует бессознательно и не опирается на предвидение.
