Время, подобно пространству, по мнению Прокоповича, неотделимо от природных тел. Оно является мерой их движения относительно предыдущего и последующего или «самой последовательностью частей движения» (61, 122 об.). Так же, как и пространство, время существует реально, объективно, будучи характеристикой движущегося тела.
Прокопович считает, что между началом движения тела и его конечным результатом проходит определенное время. Мгновенное взаимодействие физических тел он отрицает. Вместе с тем вслед за Аристотелем и Галилеем философ утверждает, что свет распространяется почти мгновенно. Возможно, мысль высказанная Авиценной, Альхазеном (Ибн аль-Хайтамом), Николаем из Отрекура и другими естествоиспытателями, об очень большой, но конечной скорости распространения света ему не была известна. В «Натурфилософии» Прокоповича нет упоминания и об определении в 1672 г. скорости света датским ученым Рёмером. Однако законы преломления и теория радуги освещаются им довольно полно. Работы Теодорика (Дитриха из Фрейберга), Витело, Марка Антонио де Доминиса ему были известны.
В связи с рассмотрением вопроса о пространстве и времени Прокопович детально анализирует понятия конечного и бесконечного, прерывного и непрерывного. В целом его взгляды на соотношение конечного и бесконечного, прерывного и непрерывного еще остаются в пределах метафизики. Так, он утверждает, что «из конечного не может возникнуть бесконечное» (там же, 105 об.).
«Бесконечным, — у Прокоповича, — называется то, что не имеет конца, что никаким способом не может исчерпаться, в чем никогда нет крайнего» (61, 118 об.). При этом под концом он понимает границу, предел. В «Натурфилософии» Феофан делит бесконечное на актуальное и потенциальное. «Актуальным бесконечным является такое, — говорит он, — все части которого существуют одновременно… Потенциальное бесконечное есть то, не все части чего существуют, а только некоторые из них актуальны, а остальные постепенно присоединяются к ним» (там же, 104 л.). Смысл бесконечного, по его мнению, состоит в неизменности и неподвижности. Оно не возникает, не начинается и не кончается. Оно не может пространственно перемещаться, так как все место принадлежит ему, и если бы было им оставлено, то оно стало бы конечным. Бесконечное не существует вне мира, ибо вне его ничего нет, и не существует в мире, ибо оно было бы ограничено пределами мира. Однако это утверждение не проводится им последовательно, так как он признает и бесконечное количество звезд на небе, и бесконечное множество вещей в мире, и бесконечную делимость тел. В вопросе о бесконечном Феофан решительно расходится с представителями второй схоластики, утверждавшими, что бесконечное создается богом. Вопреки им Прокопович считает, что «ничего бесконечного бог не может создать» (61, 108 об.). Полемизируя в этом вопросе с Арриагой, он пишет: «Если бог не может создать ничего большего, чем то, что он создал раньше, то исчерпывается всемогущество божье, а если может, то то, что он создает, не является бесконечным» (там же, 104 об.).
