Так, Прокопович решительно возражает против принятого в схоластике первенствующего значения формы в соотношении материи и формы и склоняется к мысли, что основанием, причиной в этом соотношении является материя. Он не соглашается с допускаемым схоластикой отрывом формы от материи и ее гипостазированием, так как, по его мнению, из положения о единстве материи и формы в природном теле закономерно вытекает мысль, что форма не может существовать вне материи. Подвергая критике взгляды Платона, Аристотеля, Фомы Аквинского, мыслитель возражает против превращения отделенных от материи форм в онтологизированные платоновские идеи, против понимания бога как чистой формы, чистого бытия, акта, формы форм и признания непрерывного творения им форм природных тел. «Мысли Платона — дивная сказка, — пишет Феофан. — Он учит, что форма из идей ее самой, как из источника, вливается в материю, как в какое-то хранилище. Ничто не выливается из того, что есть ничем, разве что пустые сновиденья, какими являются идеи Платона» (61, 71 л). Рассматривая далее мысль Аристотеля, согласно которой «формы существуют до возникновения какой бы то ни было вещи», он вынужден признать: «…выслушав Аристотеля и других, думающих так же, скажу, что я по-иному понимаю все, относящееся к этому вопросу» (там же, 71 об.).
В отличие от Фомы Аквинского, который теологизировал аристотелевскую форму, обозначающую природную сущность вещей, Прокопович выполняет противоположную процедуру, он снимает эту теологизацию, пытаясь показать, что формы не сверхъестественны, а естественны. Однако эта попытка носит еще ограниченный характер. Довольствуясь деистическим признанием первичного творения материи и формы богом, Прокопович отрицает их дальнейшее непрерывное творение, на котором настаивали не только последователи Аквината, но и многие мыслители XVII в., в том числе и Декарт. Однако он не распространяет это отрицание на разумные души, каждая из которых, по его мнению, творится в отдельности и соединяется с зарождающимся телом человека. «Формы, — говорит мыслитель, — выводятся из чего-то, а не из ничего. Ибо в противном случае они создавались бы, а не рождались. Но мы только что убедились, что ничто не создается, кроме формы человеческого тела, которая создается при рождении человека» (61, 71 л.).
Возникновение формы, по мнению Прокоповича, процесс новообразования, а не развертывания заложенных друг в друга во все более уменьшенном виде первоначально созданных форм. Прокопович не согласен с идеей вложенности форм друг в друга и их скрытым существованием до появления того или другого природного тела. Он критикует взгляды тех ученых, которые «подобно тому, как Анаксагор и его последователи, представляли и доказывали, что все формы тайно припрятаны в отдельных вещах и из случайной и смешанной кучи приводятся в порядок силой действующей причины и, как будто усыпленные, пробуждаются, и предстают перед глазами… Я же говорю, что это неверно и это доказывает чувственный опыт. Ибо кто, из имеющих здравый ум, скажет, что тот пожар, от которого погиб целый город, не порожден вновь, а был сокрыт в бревнах домов» (там же, 71 л.). Сторонники теории вложенности форм утверждают, что эти формы «способны увеличиваться», Прокопович же настаивает на том, что они возникают вновь, в том числе и в процессе онтогенеза живых организмов.
