В «Натурфилософии» Феофан показывает, что только природное тело может быть адекватным объектом, изучаемым естествознанием.
Прокопович и другие профессора академии расчленяют и анализируют природные тела, выявляя общее в вещах, их субстрат, из которого все возникает и в который все превращается. Он обладает протяженностью, величиной, фигурой. Но этот субстрат рассматривается безотносительно к противоположности духа и мира, безотносительно к его познанию. Он берется вне основного вопроса философии. Прокопович пытается найти эту объективную основу или перво-признак природных тел вне их отношения к сознанию. Вследствие этого сама основа представляется совокупностью свойств, в которых она как объект растворяется, ее первичность остается чем-то само собой разумеющимся, но специально не выделяется и не исследуется.
Известно, что на определенных исторических этапах развития философии тело, вещь, вещество выступают как эквивалент материи. Но у Прокоповича тело и материя отнюдь не одно и то же. Тело, а не материя характеризуется им как субстанция. Материя же является лишь одним из определений субстанции, одним из ее оснований или принципов, ее существенной частью. Материя, по Прокоповичу, есть незавершенная субстанция. Именно в этом смысле в философском курсе Прокоповича говорится, что материя является субстанцией, а субстанция определяется через материю.
Определение природных тел как независимых и существующих самих по себе субстанций отражало в курсе Прокоповича и других профессоров киевской академии метафизическую разорванность и неизменность природы. Вместе с тем понимание их как субстанций отсекало необходимость вмешательства бога в дела природы и превращало его лишь в гаранта ее неизменности. Оно не могло не накладывать на всемогущество бога весьма серьезные ограничения. Действительно, если сущность природных тел субстанциальна, то «сущность одной вещи не может придаваться другой даже при помощи абсолютного могущества бога… Это правильно, так как сущность субстанции не есть ее существование самой по себе любым способом, а только согласным с природой, то есть ее бытие требует существования в соответствии с ее собственной природой» (133, 179).
В произведениях Прокоповича так же, как и у Спинозы, неоднократно говорится о природе как о принципе и причине движения. Однако трактовка этого принципа у Прокоповича совсем другая. Природа выступает в качестве такого принципа по отношению к отдельным природным телам, что вполне соответствовало механическому пониманию причинности, согласно которому причина, источник движения находится не в том, что движется, а вне его, в толкающем теле. Но вследствие того что субстанцией у Прокоповича является не природа, а отдельное природное тело, возникает вопрос, как объяснить его самобытие так, чтобы не нарушить и принцип механической причинности. Его решение связывается Феофаном с признанием внутренней неоднородности субстанции. Хотя на первый взгляд эта мысль кажется весьма диалектичной, поскольку она переносит причину движения внутрь субстанции и связывает ее с внутренней неоднородностью, различием, противоречивостью, на деле же она обосновывает механицизм. Ибо, как рассуждает Прокопович, если субстанция не однородна, а внутренне расчленена, то один ее компонент или часть может рассматриваться как нечто внешнее по отношению к другому, причиняющему как его движение, так и субстанцию в целом. «Ничто, взятое как целое, — говорит он, — не может быть причиной самого себя (causa sui), но когда оно берется в значении одной из своих частей, то может быть само для себя внутренней причиной» (61, 77 л.). Самопричинение не является существенной определенностью субстанции у Прокоповича.
