Поскольку экспериментальной базы в киевской академии не было, Прокопович стремится широко использовать результаты, полученные математиками и естествоиспытателями. Он ссылается на Евклида, Архимеда, Пифагора, Аполлония, Прокла, Витрувия, Галена, Плиния, на Авиценну, Аверроэса, Альфонса XIII, Кардано, Порту, Бойля, Герике, Борелли, Коперника, Галилея, Везалия, Бургаве и многих других. Одновременно в его курсе дана критика магии, алхимии, астрологии, схоластических вымыслов, которыми были заполнены пробелы в познании природы, обусловленные низким уровнем развития производства, науки, коммуникаций. Эта критика является не только отрицанием, но и удержанием положительного. Прокопович показывает, что занятие магией, алхимией, астрологией развило наблюдательность ученых, увеличило стремление человека проникнуть в тайны природы, развило эксперимент и тем самым подготовило появление опытно-экспериментального естествознания. Антисхоластическое направление как натурфилософии, так и всего философского курса Прокоповича не вызывает сомнения. Идеи Возрождения переплетаются здесь с идеями Реформации и раннего Просвещения.
Вполне в духе этих идей Прокопович значительно увеличивает объем курса натурфилософии по сравнению с другими прочитанными им курсами. Натурфилософия не только наибольший, но и основной курс в системе преподаваемых им философских дисциплин. Если при этом учесть, что в курс рациональной философии им была введена математика за счет исключения метафизики, то мысль о переориентации его философии на связь с естествознанием станет еще более очевидной.
Эта переориентация вызвала не только изменение способов философского доказательства, но и осознание его необходимости. Прокопович не считает ссылку на Библию аргументом в философском доказательстве. «Не следовало бы, — говорит он, — философу рассуждения свои доказывать историею и священного писания доводом» (39). Он критикует своих идейных противников за то, что они вместо ссылок на наблюдение, опыт, эксперимент, рациональное доказательство обращаются к теологии: «Противоборцы наши… оставив философию, прибегают к богословию с историею» (там же, 63).
Если предпосылкой и философским выражением начала сближения философии и естествознания в XV–XVI вв. был пантеизм, то следствием этого сближения стал деизм, который все отчетливее выступает со второй половины XVII в. Хотя деистические и пантеистические элементы в мировоззрении ученых и философов XVII–XVIII столетий продолжают переплетаться, деистическая тенденция становится преобладающей. Развивающееся естествознание, на определенном этапе довольствовавшееся растворением бога в природе, подошло к необходимости вовсе убрать его из природы и полностью отделить науку от теологии. Так, Декарт, признавая, что бог является творцом мира, устраняет его из природы при помощи пояснения, согласно которому достоинство абсолютного и неизменного бога несовместимо с вмешательством в дела подвижной и изменчивой природы.
