Конечно, в произведениях Прокоповича, в том числе и в его философском курсе, много говорится о боге. Он выступает и как творец природы, и как гарант ее сохранения, и как первопричина ее движения. Теология еще в очень большой мере проникает философские сочинения Прокоповича. Вместе с тем по сравнению с его предшественниками у него значительно усиливается тенденция к самостоятельности философии как определенной области знания. В лекционном курсе Прокоповича теология структурно отделена от философии. Последняя отличается от теологии и своим объектом, и принципами, и методом. Если теология имеет своим объектом откровение, то рациональная философия — логические операции, натуральная — природное тело, моральная — нравственность и общественную жизнь людей. Метафизика, рассматривающая бога как сущность бытия, которая в киевской и московской академиях традиционно следовала после натурфилософии или физики, отсутствует в лекционном курсе Прокоповича. Вместо метафизики он читает курс математики. Объективный мир, природа, человек начинают приобретать у Прокоповича всевозрастающую самостоятельную ценность. Но теология при этом еще отнюдь не устраняется, речь идет только о начавшемся размежевании философии и теологии соответственно принципу двойственной истины. Это размежевание есть лишь процесс, а не готовый результат. Процесс еще не завершен, он продолжается. О том, что бог еще не устранен из философии окончательно, свидетельствует и то, что в натурфилософии Прокоповича он выступает как одно из многих определений природы. «Под природой, — говорит Феофан, — понимают самого бога» (61, 77 об.). Оказывается, что бог и материя — это та же природа, взятая с разных сторон, ибо ей присуща и духовность, и телесность, протяженность. Линия сближения идет от бога к материи через природу. «Полное определение природы, — пишет Феофан, — совпадает с богом относительно природных вещей, в которых он с необходимостью существует и которые он движет. Отсюда следует, что это определение не только природы… но оно, очевидно, относится к материи и форме» (там же, 78 л.).
В связи с вопросом о сближении бога и природы в философском курсе Прокоповича отметим, что элементы деизма и пантеизма в нем часто не только переплетались, но и противоречили друг другу. Действительно, деизм допускает творение мира богом, а пантеизм его исключает. Ибо если бог существует в вещах, если он сливается с природой и есть вездесущий, то без природы, без вещей нет и бога. Но эти противоречия были противоречиями перехода от теологических систем к материалистическим.
