К концу XVII века Пондишери вместо Сурата стал административным центром Французской Индии. Однако территориально французские колонии в Индии не были связаны друг с другом, а их губернаторы избавлены от зависимости от Пондишери.
В ходе Орлеанской войны 1688—1697 гг., где Франции противостояли Англия и Голландия, 21 августа 1693 г. к Пондишери подошла голландская эскадра, и губернатор Мартен эвакуировал из города женщин. Все мужчины получили оружие и составили гарнизон в 600 человек. Французы ждали приступа. Однако голландцы на приступ не пошли, а подтащили пушки к самому городу и открыли огонь. В городе вспыхнули пожары, начались паника и дезертирство. Пондишери был обречен и после двухнедельной осады капитулировал.
Губернатора Мартена голландцы перевезли в Батавию (ныне Джакарта), откуда позже хотели переправить в Европу, но французскому губернатору удалось бежать, и вскоре он оказался в Бенгалии, где взял на себя руководство всеми французскими факториями в Касим-базаре и Шандернагоре (по-индийски Чандернагар).
В 1697 г. в Рисвике был заключен мир. После этого Мартен приехал в Пондишери, перешедший по договору французам. В городе потихоньку стала налаживаться жизнь. Во Францию разрешили ввозить отбеленный ситец, корицу, перец и другие товары, вскоре появились ткачи — около 500 человек. И уже в 1700 г. Пондишери вновь стал основным среди французских колоний и факторий.
В ходе новой войны 1744—1748 гг. губернатор островов Иль-де-Франса и Бурбона Махе де ля Бурдонне из судов Ост-Индской компании сумел сформировать хорошую эскадру из десяти кораблей. Но использовать свое преимущество против конкурентов Бурдонне не мог, так как Ост-Индская компания, у которой он состоял на службе, заключила соглашение с английской Ост-Индской компанией о нейтралитете, несмотря на то что война между метрополиями уже была объявлена. Английская компания с радостью ухватилась за это французское предложение, поскольку в этот период она была слабее, но предупредила, что это не связывает действия английского правительства и военного флота.
В 1745 г. в Индийский океан была отправлена английская эскадра из шести кораблей под командованием коммодора Пейтона. Эскадра начала нападать на французские торговые суда и в июле 1746 г. появилась у восточного берега Ост-Индии, чтобы поддержать атаку против Пондишери, которую в то время готовил губернатор Мадраса. Но в это время подоспел Бурдонне, получивший свободу действий.
