На самолете № 7063901 с моторами АЧ-30Б и винтами AB-5ЛB-116 диаметром 4,1 метра, в частности, заменили жалюзи водорадиаторов заслонками ЦАГИ, маслорадиаторы перенесли с передней кромки отъемной части крыла под мотогондолы, установили обтекатель на нижнюю стрелковую точку, механический стопор хвостового колеса и упоры колес шасси в убранном положении, сделали новый нижний входной люк с лестницей и переделали капоты, коки винтов и выхлопные насадки. Тогда же самолет герметизировали.
В мае самолет исследовали в натурной аэродинамической трубе Т-101 ЦАГИ, и вслед за этим начались его летные испытания. Из-за вышедшего из строя левого двигателя и последовавшей его замены испытания затянулись до середины сентября. За этот период на самолете выполнили 28 полетов общей продолжительностью 20 часов 28 минут.
Не дожидаясь составления отчета о результатах заводских испытаний, на этой же машине моторы заменили форсированными АЧ-30БФ, установили флюгерные винты, вертикальное оперение большей площади, электрофицированную турель СЭБ-7 и выполнили ряд мелких доработок. Второй этап летных испытаний машины начался 9 декабря 1945 года. Но он продолжался недолго.
В январе 1946 года все наркоматы были преобразованы в министерства и авиационную промышленность вместо репрессированного А.И.Шахурина возглавил министр М.В.Хруничев. Новый руководитель авиапрома с огромной энергией начал наводить свой порядок, для начала ликвидировав многие конструкторские бюро. Попал под эти «жернова» и коллектив П.О.Сухого. В итоге все работы по самолету Ер-2 прекратили. Исключение сделали только для Ер-2ММ, испытывавшегося по особой программе с разрешения заместителя министра С.Н.Шишкина. Но и она продолжалась лишь короткое время: 22 апреля на самолете вышел из строя правый двигатель.
Другой Ер-2 (заводской № 7023901) с моторами АЧ-30БФ и винтами AB-3JIB-116 диаметром 3,95 метра оборудовали новым вертикальным оперением, системой радиоопознования, командной радиостанцией, кислородными приборами легочного типа с измененной схемой питания, коническим стопором хвостового колеса и фильтрами в электрической цепи, устранившими помехи при работе радиооборудования.
Самолет проходил совместные контрольные испытания в Научно-испытательном институте ВВС летом 1945 года, в ходе которых выявилась необходимость увеличения аэродинамической компенсации элеронов и рулей высоты с установкой флетнеров, предназначенных для снижения нагрузок на штурвал. После доработок испытания продолжались и завершились 13 октября.
