При обсуждении результатов государственных испытаний представители АДД предложили ввести в экипаж второго пилота, разместив его рядом с командиром. Это позволяло существенно снизить нагрузку на летчиков во время длительных полетов. Тогда же было высказано пожелание усилить оборонительное вооружение, заменив верхнюю пулеметную установку пушечной.
По решению Государственного Комитета Обороны от 21 сентября 1943 года Ер-2 с М-30Б запустили в серийное производство на заводе № 39 по образцу, прошедшему государственные испытания, но с устранением отмеченных в нем дефектов и замечаний по макету, утвержденному командующим Авиацией дальнего действия 3 сентября.
Доработки оперативно выполнили, и в декабре 1943 года две серийные, но еще «сырые» машины вышли из сборочного цеха. Кроме новых двигателей, вынесенных вперед на 145 мм, увеличили экипаж, введя второго пилота. В связи с этим расширили кабину пилотов, посадив их в ряд. Больше стали площади крыла (на 1,62 квадратных метра), вертикального и горизонтального оперения (на 1,39 и 0,62 квадратных метра соответственно). На 290 миллиметров возрос размах центроплана и на 102 миллиметра удлинили грузовой отсек. На моторах первоначально стояли винты ВИШ- 24, замененные впоследствии на АВ-5ЛВ-116.
Существенно улучшилось оборонительное вооружение. Носовую стрелковую установку конструкции Торопова с пулеметом калибра 12,7 миллиметра с боезапасом 220 патронов и непрерывным питанием заменили на НУ-134 шарового типа с пятью магазинами по 65 патронов в каждом. На фюзеляже поставили сначала серийную турель ТУМ-5, а затем – модифицированную ТУМ-5М с электроприводом по горизонту и пушкой ШВАК с боезапасом 200 патронов и более совершенным прицелом ОПТ-3. В люковой установке вместо пулемета БТ с ручной перезарядкой и 240 патронами появился УБК того же калибра, но с пневматической перезарядкой и боекомплектом 275 патронов. Доработали и бомбардировочное вооружение, в частности, вместо одного прицела ПС-1 поставили два: ОПБ-1Р и ночной НКПБ-7.
Объем внутренних топливных баков, оснащенных системой заполнения нейтральным газом, возрос на 540 л, а подвесного бака (в бомбовом отсеке) – на 60 литров. Теперь все баки стали вмещать до 6420 литров керосина. Установка жидкостного антиобледенителя на винты и лобовые стекла пилотской кабины благоприятно сказалась на пилотировании машины в сложных метеоусловиях. В итоге доработок значительно возрос взлетный вес машины, что потребовало установки новых колес: главных опор шасси – размером 1325x485 миллиметров и хвостового – 700x300 миллиметров.
