Ввиду незначительного влияния на морские качества и существенного улучшения боевых качеств корабля кораблестроительный отдел счел допустимыми перегрузку от установки 120-мм орудий длиной ствола 45 калибров (массой со станком и щитом 9,1 т, а с запасом из 100 патронов 12,7 т) и уменьшение метацентрической высоты на 50 мм. Соответствующей перегрузки потребовали и подкрепления корпуса и фундамента под установку орудия, отдача которого доходила до 29,5 т, а также и переоборудование кормового 75-мм погреба под новые, удлиненные до 1,3 м, 120-мм фугасные снаряды. Сами орудия, ввиду нежелательности их переделок в случае передачи со строящихся линейных кораблей типа "Андрей Первозванный", срочно заказывались на Обуховском заводе.
Тем временем постройка корпусов кораблей, начатая одновременно 24 января 1906 г., быстро продвигалась вперед. На день официальной закладки 3 сентября 1906 г. корабли имели до 40% готовности (по отношению к полной стоимости постройки). Наибольшее продвижение 46,75% было на "Лейтенанте Шестакове", в корпусе которого установили около 100 т материала, включая и закрепленный 200-кг форштевень. В марте 1907 г. на всех четырех кораблях установили 1,7 т ахтерштевни, в июле-августе 3,4 т кронштейны гребных валов. Шла установка пиллерсов, машинных и котельных фундаментов, светлых люков, леерных стоек, якорных шлюзов. Начали навешивать рули, крепить румпеля, отводы гребных винтов.
В августе 1907 г. на "Шестакове" появилась и надпись названия корабля. Первым он и был спущен на воду. За ним последовали 1 сентября "Капитан Сакен", 16 октября "Лейтенант Зацаренный" и последний 23 октября "Капитан-лейтенант Баранов". От завода судостроительными работами на миноносцах руководил морской инженер (выпускник Петербургского политехнического института) С Т. Каменский, наблюдающими до апреля 1907 г. были корабельные инженеры А.А. Терентьев и В.Е. Карпов, а затем штабс-капитан корпуса корабельных инженеров А.Э. Влашимский.
Вместе с энергичной достройкой на плаву продолжалась корректировка целого ряда проекто-технических решении. В связи с решением об установке на миноносцах радиостанций наблюдавший за постройкой корабельный инженер взамен предусматривающихся по контракту легких (17 м от ватерлинии) мачт в 1907 г. спроектировал новые длиной 21 м, но и их в 1908 г. пришлось переделывать в связи с требованием заведующего радиотелеграфным делом в Черноморском флоте капитан-лейтенанта В.Н. Кедрина.
