В течение некоторого времени Жилю де Ре удавалось избегать преследования. Он был богат, знатен и влиятелен. Но в 1440 году он имел неосторожность испортить отношения со своим сюзереном герцогом Бретонским, и тот дал "зеленую улицу" инквизиционному расследованию.
Челядь барона допросили со всей строгостью, были произведены обыски во всех замках маршала. В Тиффоже и особняке Ла Сюз в Нанте, принадлежавшем маршалу, обнаружить ничего не удалось, слуги де Ре успели замести следы. Но в двух других замках маршала — Шантосе и Машкуле — было найдено 140 детских скелетов и трупов.
Маршал де Ре был судим одновременно двумя судами: светским и церковным. Светский суд судил его за похищения, убийства, противоестественные сексуальные преступления (красавец барон, от взгляда которого млели придворные прелестницы, оказался гомосексуалистом, садистом и педофилом), а церковный суд судил маршала за вероотступничество и связь с демонами. Оказалось, что алхимик Прелати обещал маршалу, постоянно нуждавшемуся в наличных деньгах, изготовить с помощью философского камня сколько угодно золота. Работая над поиском этого волшебного вещества, Прелати якобы вступил в сговор с дьяволом, который в обмен за помощь потребовал человеческих жертвоприношений. Занимаясь инфернальными экспериментами, алхимик и барон умертвили множество детей и подростков.
В начале процесса маршал вел себя гордо и высокомерно. В лучших традициях черных магов он трижды отказался принести присягу, ибо оккультисты того времени считали, что черный маг, поклявшись именем Бога, лишается покровительства своего хозяина — дьявола. Но после четырехчасовой беседы с вице-инквизитором Жаном Блоненом, который предъявил ему показания Прелати и его помощницы, некой Мэффрэ, барон пал духом, раскаялся и признал все преступления. Особо следует подчеркнуть, что маршала не пытали.
Многие исследователи полагают, что Прелати и Мэффрэ получили от инквизиторов свободу в обмен на показания, изобличающие де Ре. Это неверно. Старая ведьма Мэффрэ, дав показания, скончалась в тюрьме после пыток, а Прелати умер еще до ареста маршала. Смерть алхимика официально считается естественной, но весьма вероятно, что он был убит по приказу де Ре как опасный свидетель. В руки же инквизиторов попали записки алхимика. Старик оказался большим педантом и все свои дьявольские опыты тщательно записывал.
Жиля де Ре признали виновным по всем пунктам обвинения и 25 октября 1440 года казнили в Нанте с двумя ближайшими сообщниками из числа слуг.
