Укрепив Национальную гвардию, Хуарес потребовал от Комонфорта ликвидировать военный округ в Оахаке и распустить или отозвать за пределы штата входившие в него военные части. Комонфорт не решился на столь радикальный шаг. Вместо этого он снял командующего округом, назначив Хуареса на его место. Теперь вся власть в штате была сосредоточена в руках Хуареса. Оахака становилась, таким образом, мощным оплотом левых либералов. Хуарес основал здесь газету «Бич тиранов». Ее читали либералы всей страны.
«Чистые», используя демократические свободы, восстановленные после свержения диктатуры Санта-Анны, укрепляли свои позиции и в других штатах. Реакция между тем не складывала оружия. Она толкала Комонфорта на разрыв с левыми, надеясь превратить его во второго Санта-Анну. Комонфорт проявлял нерешительность. Он и рад был бы повернуть вправо, но опасался, что это приведет его к такому же печальному концу, как и Санта-Анну. К тому же он, как и все предыдущие Президенты Мексики, остро нуждался в деньгах, а единственным источником, который мог ему предоставить средства, являлась все та же церковь — оплот реакции.
Считая Комонфорта неспособным на решительные действия, реакционеры, лидируемые церковниками и офицерами санта-аннистами, энергично готовились к его свержению. Они создали ряд тайных организаций (Центральная консервативная директория в Мехико, Священный союз в Пуэбле), монастыри превратили в склады оружия. В начале 1856 года они подняли в Пуэбле мятеж, подавленный Комонфортом. Хуарес настаивал на строгом наказании мятежников. «Не забывайте, — говорил он тем, кто просил снисхождения к ним, — что, когда вы милуете одного из этих людей, для которых политика — это не что иное, как анархия и военный мятеж, вы тем самым осуждаете на смерть многие сотни ни в чем не повинных людей».
Решительные действия правительства встретили широкую поддержку в стране, что побудило его принять ряд мер, ограничивающих финансовое могущество церкви. В мае 1856 года Комонфорт утвердил выработанный его министром финансов Мигелем Лердо де Техадой закон, согласно которому церковное имущество (поместья и городская недвижимость), за исключением зданий, используемых в чисто религиозных целях, переходило в собственность лиц, арендующих их, если они в трехмесячный срок заявляли о своем желании приобрести его. В таком случае арендатор должен был уплатить стоимость имущества ежегодными шестипроцентными взносами. Имущество церкви, не сданное в аренду, духовенство обязано было продать в трехмесячный срок любому лицу, в противном случае оно поступало в продажу с аукциона. Вырученные деньги передавались церкви после отчисления в государственную казну соответствующего налога.
