Французские ядра, упавшие на Веракрус, вновь вытолкнули на политическую арену предателя Санта-Анну. Он вызвался сражаться с французами, во время обстрела города был ранен в ногу, которую пришлось ампутировать. Свою «историческую» ногу авантюрист торжественно захоронил в имении в Халапе и выстроил на ее «могиле» памятник. Нога была потеряна, зато честь восстановлена. Теперь Санта-Анна вновь мог распинаться в своем патриотизме и претендовать на власть. Не прошло и двух лет, как этот «патриот», поддерживаемый церковниками и офицерской верхушкой, свергнул Бустаманте и во второй раз сел в президентское кресло. Теперь он точно знал, что требуется его хозяевам и покровителям. Он разогнал конгресс, стал преследовать демократов, занялся истреблением индейцев, восставших против церковных и помещичьих поборов.
Действия Санта-Анны вызвали волну возмущения в стране. В 1844 году в результате восстания он был свергнут и бежал в Гавану под крылышко испанцев. Они все еще удерживали под своим контролем Кубу. В Мехико к власти пришли умеренные либералы.
Хуарес все эти годы безвыездно проживал в Оахаке, занимаясь адвокатской практикой. В 1843 году в его жизни произошло знаменательное событие. Он женился на Маргарите, дочери Антонио Масы, того самого торговца кошенилем, который некогда приютил его и у которого в кухарках все еще работала его сестра Мария-Хосефа. Маргарита родилась в 1826 году и росла на глазах своего будущего мужа. В год замужества ей исполнилось 17 лет. Хуаресу же было 37 лет. Такая разница в годах между новобрачными считалась тогда вполне естественной. Судя по всему, родители Маргариты не только не чинили препятствий к браку, но даже всячески ему способствовали, хотя брак дочери богатых да к тому же белых родителей с индейцем и мог шокировать кое-кого из местных аристократов. Не смутило их и то обстоятельство, что будущий зять был активным политиком — занятие весьма опасное в тогдашней Мексике. В семье Масы любили и уважали Хуареса за его честность, искренность, передовые идеи, патриотизм. Такое же чувство уважения и привязанности испытывала к нему Маргарита. Она стала его верной и надежной спутницей жизни и безропотно разделяла с ним все опасности и трудности. Хуарес, в свою очередь, платил ей безграничной преданностью. У них было 12 человек детей. Из них шесть дочерей и сын Бенито пережили своих родителей, три дочери и два сына умерли при их жизни.
В 1844 году губернатором штата Оахака стал генерал Антонио Леон, старый участник войны за независимость, соратник Морелоса. Он назначил Хуареса секретарем своего правительства. Однако вскоре Хуарес подает в отставку с этого поста в знак протеста против преследования властями демократов. Его избирают заместителем депутата от либеральной партии в провинциальный конгресс и назначают заместителем прокурора при верховном суде штата.
