В 1171 г. Ибн-Рушд вернулся в Кордову, где вскоре занял уже ставшую наследственной в его роду должность великого кадия. Государственная служба, несмотря на свои положительные стороны, отнимала много времени и отвлекала от осуществления научных замыслов. В одном из своих трудов философ жалуется, что мог допустить кое-какие ошибки, поскольку был занят посторонними неотложными делами и не имел под рукой нужных источников, оставшихся в его кордовском доме; в другом сочинении он сетует на то, что недостаток времени вынудил его ограничиться наиболее важными вопросами, сравнивая себя с погорельцем, который выхватывает из огня лишь самые необходимые пожитки.
В 1182 г. Ибн-Рушд замещает Ибн-Туфейля на должности лейб-медика халифа. В 1184 г., после смерти Абу-Якуба, халифский престол перешел к его сыну Абу-Юсуфу Якубу. У нового правителя Ибн-Рушд был в не меньшем фаворе, чем у прежнего. Часами, бывало, засиживался он в покоях халифа на подушке, отведенной для самых близких друзей хозяина, ведя с ним ученые беседы и время от времени обращаясь к нему со словами: «Послушай, брат мой». А между тем над ним уже сгущались тучи.
Гроза разразилась в 1195 г. Абу-Юсуф повелел сжечь сочинения Ибн-Рушда, а самого философа сослал в местечко аль-Ясана, близ Кордовы. Распоряжение было отдано халифом в Кордове тогда, когда он возвращался с похода на кастильцев.
Средневековые арабские авторы комментируют это событие по-разному. Некоторые из них ищут мотивы, побудившие халифа подвергнуть Ибн-Рушда опале, в чрезмерной фамильярности последнего, выразившейся, в частности, в том, что он назвал повелителя правоверных в одной из своих книг просто королем берберов, как это было принято у ученых, без обычных пышных титулов и эпитетов. Предполагали также, что причиной немилости Абу-Юсуфа были его подозрения по поводу близких отношений между Ибн-Рушдом и братом халифа Абу-Яхьей, тогдашним губернатором Кордовы. Согласно еще одной версии, по Андалузии разнесся слух о приближающейся гибели рода людского от небывалого урагана, и губернатор Кордовы созвал по этому случаю наиболее мудрых и уважаемых людей города; Ибн-Рушд дерзнул дать упомянутому метеорологическому явлению естественнонаучное объяснение, а когда один из теологов спросил его, верит ли он в передаваемый Кораном рассказ о племени Ад, погибшем при аналогичных обстоятельствах, воскликнул: «Бог ты мой, само существование племени Ад нереально, так что же говорить о причине его гибели!» Говорили, наконец, что некие злопыхатели раздобыли комментарий, написанный собственноручно Ибн-Рушдом, где имелась фраза: «Ясно, что аз-Зухра (Венера) есть божество», показали эту фразу в отрыве от контекста халифу и, приписав ее самому философу, объявили его язычником.
