Из Петербурга Креницын с командой из 16 человек выехал 1 июля 1764 г. На 42 подводах экспедиция прошла в Тверь, а оттуда 18 июля поплыла на барже по Волге до Казани. Далее из Казани сухим путем экспедиция последовала через Кунгур, Екатеринбург, Тюмень и прибыла в Тобольск 17 сентября 1764 г.
В Тобольске сибирский губернатор Д. И. Чичерин вскрыл доставленный Креницыным пакет с инструкциями экспедиции, и только тогда последнему стало известно истинное назначение его прибытия в Сибирь. Он мужественно и просто принял к выполнению сложную и ответственную поставленную перед ним исследовательскую задачу.
Губернатор Чичерин принял решение изменить характер работы экспедиции и отказаться от работы ее участников на промысловых судах. Он распорядился построить для экспедиции в Охотске два судна и передать их под команду Креницына. В Тобольске к экспедиции были прикомандированы 10 штурманских учеников из местной навигационной школы и команда из «нижних чинов». Экспедицию снабдили необходимыми материалами и припасами.
Губернатор Чичерин составил особую инструкцию для экспедиции, в которой поместил различные советы и указания властям Якутска, Охотска и Камчатки в части содействия и обеспечения экспедиции. Для самого Креницына в ней было указано: «За главнейшее основание порученной вам экспедиции поставляю несколько уже известных, сысканных купцами Алеутских островов, основательное описание и положение оных на карту сделать, а особливо большого и многолюдного острова Кадьяк;
приложив всевозможное старание, обходя его вокруг, писать весьма нужно, остров то или матерая земля, ибо на показания бывших на том острову наших людей утвердиться не можно» [7, с. 114].
Далее в рассказе об экспедиции все цитаты взяты из «Экстракта из журналов морской секретной экспедиции под командою флота капитана Креницына и капитан–лейтенанта (что ныне капитан) Левашова разных годов в бытности их в той экспедиции, с 1764 по 1771 годы», помещенные в 2, с. 435–458.
Перезимовав в Тобольске, 5 марта 1765 г. экспедиция тронулась в дальнейший путь в Иркутск. Проездом через Томск Креницын «взял себе в команду троих школьников, знающих начальные основания математики». В Иркутск Креницын прибыл 4 апреля. Там он также включил в состав экспедиции трех учеников местной навигацкой школы. Из Иркутска Креницын проехал в Качуг в верховьях Лены и организовал оттуда сплав экспедиции в Якутск.
15 мая экспедиция на пяти плошкоутах поплыла вниз по реке к Якутску,
