Во время Великой Отечественной войны в Кизилташе располагалась база партизанского отряда» и здесь даже произошли два крупных сражения. С 1945 по 1950 год на территории монастыря опять работал санаторий Московского военного округа.
7 ноября 1950 года Президиум Верховного Совета РСФСР принял решение об организации в Кизилташском урочище базы хранения ядерного оружия. Расположение долины, огороженной от посторонних глаз горными отрогами, давало возможность создать надежную охрану секретного объекта. Хранилища боеприпасов могли быть оборудованы в толще скал. По расчетам специалистов, объект обеспечил бы сохранность «изделий» даже при близком ядерном взрыве мощностью до 10 Мт.
В 1951 году в Кизилташском урочище началось грандиозное строительство. Эшелоны везли сюда заключенных и оборудование, которое, возможно, было лучшим в Союзе. В пользу последнего говорит следующий случай: когда на небольшом подъемнике в надписи «Испытать 500,0 кг» стерлась запятая, установку испытали на 5000 кг. Она поскрипела, но выдержала! Строительство осуществлялось Главгорстроем — специальным строительным управлением МСМ, в котором руководящие должности занимали опытные землепроходчики ленинградского Метросгроя.
Первую партию заключенных в Кизилташ доставили затемно. Зэков посадили на землю и окружили машинами с включенными фарами. Вокруг возвышались крымские горы и шумел лес. Никто не спал в ту ночь, солдаты охраняли каторжников, а тем под страхом немедленного расстрела запрещено было вставать с земли. А с рассветом заключенные отправились строить для себя охранную систему…
Каждый каторжник был специально отобран для работы над объектом и имел, помимо опыта горнопроходческих, шахтных работ, еще и допуск по первой форме секретности. Кстати, после окончания строительства некоторые из зэков, отбыв срок заключения, остались на территории объекта и продолжили работу в обслуживающих подразделениях в качестве вольнонаемных.
Кизилташский лагерь первоначально имел только литерное название «ЕО», ИТЛ (исправительно-трудовой лагерь) «ЕО», затем был переименован в Гагаринское ОЛ (отделение лагерей), а потом в Гагаринский ИТЛ — Гагарлаг. Местами дислокации управления лагеря считались Симферополь (почтовый адрес — Симферополь, п/я ЕО-ЮЗ) и станция Айвазовская (ранее ст. Сарыголь Сталинской железной дороги).
Грузы для лагеря поступали через железнодорожную станцию Айвазовская, телеграфный адрес лагеря был: Феодосия, «Море». Этот лагерь относился к Главному управлению лагерей промышленного строительства МВД СССР (ГУЛПС МВД), которое занималось возведением объектов зарождающейся атомной отрасли.
