Бухта исчезла с карт почти на пятьдесят лет. Въезд и выезд в Балаклаву контролировался подразделением военной контрразведки. Все местные жители прошли по одному, а то и по нескольку собеседований с сотрудниками госбезопасности. На территорию Балаклавы возможно было попасть, только если в паспорте была проставлена соответствующая прописка. Для остальных въезд был по пропускам и на ограниченный срок. Все окрестные сопки буквально кишели «грибниками» в штатском. Фотографировать строжайше запрещалось. Если на сопке встречали человека с фотоаппаратом, то пленку тут же изымали, а человек попадал в Особый отдел на беседу.
Подземный комплекс общей площадью около 15 тыс. м>2 был спроектирован ленинградским проектным институтом «Гранит». В 1947 году проект завизировал Сталин, однако строительство основной части комплекса началось уже после смерти генсека — в 1953 году. Для проведения работ был сформирован специальный горно-строительный отряд Черноморского флота. Отряду было поручено вести первый этап строительства подземного убежища. Следом за военными в Балаклаву приехали строители; участие гражданских специалистов было обусловлено сложностью бурения горных пород. Гора Таврос, в недрах которой расположился секретный объект, состояла из прочного мраморовидного известняка.
В 1956 году было создано Строительное управление 528. Везде были только цифры, и никаких названий. Номер строительного управления был выбран из трех цифр, входящих в номер «Объекта 825 ГТС», только их переставили местами. По личному распоряжению Никиты Хрущева в стройуправление вошли специалисты Метростроя из Москвы, Харькова и имеющие опыт горнопроходческих работ на Кавказе строители из Абакана.
Материально-техническая база СУ 528 располагалась в Балаклаве в 3 км от основных работ. Территория базы была обнесена изгородью из колючей проволоки. Там находились центральный материальный склад, бетонный цех со складом цемента и песка, мастерская монтажно-механического участка, автогараж и склад горючего, лесопильный и столярный цех со складом лесоматериалов.
В распоряжении стройуправления имелся центральный склад взрывчатых веществ, расположенный на горе за базой, и раздаточный склад ВВ, в районе основных работ.
Строительство велось круглосуточно, в три смены, буровзрывным методом. Бурились шурфы, в них закладывался взрывчатый заряд, разрушающий породу на нужной глубине. Грунт вывозили, внутри образовавшейся штольни строили опалубку для бетона. Существенный недостаток буровзрывного метода заключался в слабопредсказуемой форме штольни и, как следствие, необходимости возводить опалубку переменной толщины. Поэтому толщина обделки стен и сводов сооружения в среднем составляла 1,5 м, а на отдельных участках достигала 3 м. После вывоза грунта рабочие устанавливали металлический каркас. Затем его дополняли деревянными элементами и, наконец, забивали бетоном марки «М 400». Вплоть до 1956 года бетон подавался вручную, лопатами. Потом его стали закачивать в форму сжатым воздухом.
