Когда Годунов известил государя об ответе Иеремии, то государь будто бы посылал того же Годунова еще "многажды говорити и советовати о том, чтобы святейший Иеремия произволил быти на Владимирском и всея России патриаршестве, и Иеремия о том много советовал с боярином Борисом Феодоровичем во многие приезды да на то не произволил", а говорил: "Если государь повелит мне быть в царствующем граде Москве при себе, где ныне митрополит, тогда митрополита можно устроить в другом городе". После этого, по словам же Статейного списка еще после первого ответа Иеремии, царь Федор Иванович созвал бояр и говорил им: "Мы помыслили было, чтобы святейшему Иеремии быть в нашем государстве на патриаршестве Владимирском и всея России, а в царствующем граде Москве быть по-прежнему отцу нашему и богомольцу митрополиту Иову. Но святейший Иеремия на Владимирском патриаршестве быть не хочет, а соглашается исполнить нашу волю, если позволим ему быть на патриаршестве в Москве, где ныне отец наш митрополит Иов. И мы помыслили, что то дело нестаточное: как нам такого сопрестольника великих чудотворцев Петра, Алексия и Ионы и мужа достохвального жития, святого и преподобного отца нашего и богомольца митрополита Иова изгнать от (церкви) Пречистой Богородицы и от великих чудотворцев и учинить греческого закона патриарха? А он здешнего обычая и русского языка не знает, и ни о каких делах духовных нам нельзя будет советоваться без толмача. И ныне еще бы посоветоваться с патриархом о том, чтобы он благословил и поставил на патриаршество Владимирское и Московское из Российского Собора отца нашего и богомольца Иова митрополита по тому чину, как поставляет патриархов Александрийского, Антиохийского и Иерусалимского, и чин поставления патриаршеского у него, Иеремии, взять бы, чтобы впредь поставляться патриархам в Российском царстве от митрополитов, архиепископов и епископов, а митрополиты бы, и архиепископы, и епископы поставлялись от патриарха в Российском царстве, а для того бы учинить митрополитов и прибавить архиепископов и епископов, в каких городах пригоже".
По повелению государя в 13-й день генваря 1589 г., следовательно спустя ровно полгода со времени приезда патриарха Иеремии в Москву, Годунов и дьяк Андрей Щелкалов ездили на подворье к патриарху и говорили ему: "Посылал к тебе государь наш, чтобы ты остался на патриаршестве Владимирском и всея России, но ты на то не произволил. И помыслил государь с своею благоверною царицею, поговорил с нашими боярами и велел посоветоваться с тобою о том, чтобы тебе благословить и поставить патриарха на Владимирское и Московское патриаршество из Российского Собора, кого Господь Бог, и Пречистая Богородица, и великие чудотворцы Московские изберут". Святейший Иеремия, советовав о том много с Годуновым, приговорил, что он на патриаршество Владимирское и Московское и всея России благословит и поставит из Российского Собора, кого благочестивый государь произволит, и благословение свое даст, чтобы впредь патриархам поставляться в Российском царстве от митрополитов, и архиепископов, и епископов по чину патриаршескому, а его бы государь пожаловал отпустил в Царьгород.
