Когда спустя более года бедствия России еще увеличились и число врагов Шуйского и изменников возросло в Москве, когда они снова насильно привели патриарха на Лобное место при бесчисленных толпах народа и стали вопиять, что царя Василия нужно свести с царства, что он царь несчастный и виною всех зол отечества, когда на это согласились все присугствовавшие, сами даже бояре, - один Гермоген непреклонно стоял за царя, плакал, увещевал, заклинал удержаться от такого злодеяния, объяснял, что за измену законному царю Бог еще более может наказать Россию. Когда, однако ж, несмотря на все убеждения патриарха, Шуйского лишили престола (17 июля 1610 г.) и насильно постригли в монахи, причем обеты произносил вместо него князь Василий Тюфякин, Гермоген крайне скорбел и не переставал называть Шуйского царем, постриженным же в монашество считал князя Тюфякина.
В это время кроме самозванца действовал в России и другой враг польский король Сигизмунд III. Получив известие, будто в Москве многие бояре желали бы иметь своим царем сына его Владислава, а не Шуйского и не тушинского вора, Сигизмунд решился воспользоваться благоприятными обстоятельствами и с разрешения сейма начал войну с Россиею, чтобы не только овладеть ею, но, главное, распространить в ней католическую веру, как сообщал в Рим папский нунций, находившйся тогда в Польше. В сентябре 1609 г. король приступил с своим войском к Смоленску, объявив в своем манифесте, что идет собственно спасти Россию от ее врагов, прекратить в ней междоусобия и кровопролитие, водворить порядок и тишину и что об этом просили его сами русские своими тайными письмами. В декабре послы Сигизмундовы из-под Смоленска приходили в Тушино и между прочим предлагали находившимся здесь москвитянам и нареченному патриарху Филарету, что если они пожелают отдаться под власть короля, то король примет их с большою заботливостию, сохранит их веру, права, обычаи церковные и судебные. Филарет и прочие московские люди поверили обещаниям и чрез своих послов, во главе которых находился известный приверженец самозванцев Михаиле Салтыков, объявили королю (27 генваря 1610 г.), что желают иметь государем в Москве сына его Владислава, но под условием, если ненарушимо будут сохранены их православная вера, права и вольности народные. Послы постановили об этом с сенаторами короля и более подробные условия. Король, кроме того, прислал нареченному патриарху Филарету грамоту (февраль 1610 г.), в которой, соглашаясь дать сына своего, королевича Владислава, государем в Москву, удостоверял, что веры греческого закона не нарушит ни в чем. И хотя эти сношения скоро должны были прекратиться, потому что после бегства царика в Калугу воинский стан в Тушине (5 марта) был зажжен самими поляками и оставлен всеми, а Филарет, которого поляки взяли было в плен и повели с собою "с великою крепостию", на пути был освобожден русскими ратниками и прибыл в Москву, но не остались без последствий. Когда по низвержении Шуйского в Москве начали рассуждать, кого избрать в государи, польский гетман Жолковский, стоявший с войском в Можайске, настоятельно требовал, чтобы Москва признала своим царем Владислава, и прислал (31 июля) самый договор, заключенный Сигизмундом с Михаилом Салтыковым и другими русскими послами, приходившими под Смоленск из Тушина. Первый боярин князь Мстиславский и другие бояре действительно согласились избрать Владислава и объявили о том всенародно, патриарх сильно противился, настаивая, чтобы избран был православный царь из русских, и указывал двух кандидатов - князя Василия Голицына и четырнадцатилстиего Михаила Федоровича Романова, сына митрополита Филарета Никитича. Сам Филарет выезжал на Лобное место и говорил народу: "Не прельщайтесь, мне самому подлинно известно королевское злое умышленье над Московским государством, хочет он им с сыном завладеть и нашу истинную христианскую веру разорить, а свою латинскую утвердить". Но Жолкевский и бояре превозмогли. Гермоген должен был уступить и сказал боярам: "Если королевич крестится и будет в православной вере, то я вас благословляю, если же не оставит латинской ереси, то от него во всем Московском государстве будет нарушена православная вера и да не будет на вас нашего благословения". Бояре заключили договор с гетманом Жолкевским, приняв за основание те условия, которые постановлены были самим королем под Смоленском с Салтыковым и его товарищами. В договоре ясно выражалось, что православная вера в России останется неприкосновенною и что к королю будут отправлены великие послы бить челом, да крестится государь Владислав в веру греческую. 27 августа жители Москвы целовали крест новоизбранному государю на Девичьем поле, а на другой день в Успенском соборе в присутствии самого патриарха. Тут в числе других подошли к патриарху за благословением Михаиле Салтыков и его тушинские товарищи, и патриарх сказал им: "Если в вашем намерении нет обмана и от вашего замышления не произойдет нарушения православной веры, то будь на вас благословение от всего Собора и от нашего смирения, а если скрываете лесть и от замышления вашего произойдет нарушение православной веры, то да будет на вас проклятие".
