В мае месяце, незадолго до отъезда Иеремии из Москвы, царь Федор Иванович приказал написать на пергамене золотом и червленою краскою "для утверждения от рода в род и навеки" уложенную грамоту о Русском патриаршестве, в которой можно различать две главные части. В первой части говорится о пришествии святейшего Иеремии в Москву и о том, как совещался с ним государь, желая "почтить и украсить св. соборную церковь Пресв. Богородицы превысоким престолом патриаршества и тем великим делом царствующий град Москву и все свое великое Российское царство наипаче прославить и возвеличить во всю вселенную", и как действительно учреждено патриаршество в России и поставлен первый Русский патриарх Иов. Достойны замечания слова, которые, по свидетельству грамоты, произнес Иеремия царю, когда услышал мысль его о Русском патриаршестве. "Поистине, - сказал будто бы Иеремия, - в тебе, благочестивом царе, пребывает Дух Святой, и от Бога такая мысль тобою будет приведена в дело... Ибо древний Рим пал Аполлинариевою ересью, а второй Рим - Константинополь - находится в обладании внуков агарянских, безбожных турок; твое же великое Российское царство, третий Рим, превзошло всех благочестием, и все благочестивые царства собрались в твое единое, и ты один под небесами именуешься христианским царем во всей вселенной, у всех христиан, и по Божию промыслу, по милости Пречистой и по молитвам новых чудотворцев Российского царства Петра, Алексия и Ионы и по твоему царскому прошению у Бога, твоим царским советом сие превеликое дело исполнится". Во второй части грамоты повествуется, что потом, т. е. после возведения Иова на патриаршество, но какого месяца и числа, неизвестно, по произволению царя и великого князя Федора Ивановича "на утверждение православныя веры и в почесть превеликаго престола патриаршаго царствующаго града Москвы" оба патриарха - Иеремия и Иов - со всеми прочими святителями, русскими и греческими, и со всем освященным Собором советовали и соборне уложили - быть в великом царстве Русском четырем митрополитам: в Новгороде, Казани, Ростове и на Крутицах; шести архиепископам: в Вологде, Суздале, Нижнем Новгороде, Смоленске, Рязани и Твери, где прежде были епископы, и восьми епископам: в Пскове, Ржеве, Устюге, Белозерске, Коломне, Брянске, Дмитрове и еще в каком-то городе, не названном в грамоте. Все эти епископии, кроме Коломенской, существовавшей прежде, предположено было открыть вновь. Вместе с тем соборне уложили: впредь Русским патриархам поставляться в царствующем граде Москве от своих митрополитов, архиепископов и епископов по избранию Собора, с утверждения своего государя, и новопоставленному Московскому патриарху извещать о своем поставлении Вселенского патриарха, который также будет отписывать ему о своем поставлении; всех же митрополитов, архиепископов и епископов русских по избранию Собора и соизволению государя поставлять Московскому патриарху. Эту уложенную грамоту скрепили: сам царь своею печатью, оба патриарха печатями и подписями, три русских митрополита и греческий печатями и подписями, пять русских архиепископов и греческий подписями, а два из них и печатями, один епископ печатью и подписью и затем многие архимандриты, игумены и старцы - только подписями. В последний раз пред отъездом Иеремии государь принимал его у себя еще с большею торжественностию, чем в первый; вновь одарил его, и его родственников, и всех прибывших с ним весьма щедро и, между прочим, собственноручно передал ему драгоценную митру, осыпанную жемчугом и каменьями, с распятием наверху и с жемчужною надписью вокруг: "От царя патриарху". А когда Иеремия, отправившийся в Литву и провожаемый на всем пути по России со всеми почестями, переехал русскую границу, его настиг в Орше посланец царский и вручил ему от имени царя тысячу рублей на сооружение патриархии в Царьграде и вместе с грамотами от царя и от Годунова к самому Иеремии грамоту к турецкому султану Мурату, в которой Федор Иванович просил Мурата, чтобы он велел своим пашам "держать патриарха Иеремию в бережении по старине во всем".
