Вторую часть составлял «Новый Органон или указания для истолкования природы». Здесь излагалось учение о методе познания как «законном сочетании способностей опыта и разума» и «истинной помощи» разума в исследованиях вещей. В противоположность дедуктивной логической теории аристотелевского «Органона» Бэкон выдвигает индуктивную концепцию научного познания, в основе которой лежат опыт и эксперимент и определенная методика их анализа и обобщения. Эта часть — философско-методологический фокус всего бэконовского замысла и вместе с тем последний систематически разработанный раздел его «Великого Восстановления Наук».
Третья часть предполагала кропотливую и не свойственную таланту Бэкона работу по изучению и систематизации различных природных фактов, свойств и явлений, естественнонаучных наблюдений и экспериментов, которые, согласно его концепции, должны были стать исходным материалом для последующего индуктивного обобщения. Он, конечно, вправе был жаловаться на случайный и несовершенный характер опытов тогдашнего естествознания, оно только вырабатывало методику точного эксперимента. Он вправе был критиковать и существовавшие литературные источники натуралистических сведений — античные и средневековые — за легковесность и скудость содержащихся в них фактов, к тому же перемешанных с фантастическими вымыслами и суевериями. Он разумно требовал, чтобы для каждого нового эксперимента давалось описание способа, которым он производился, дабы, во-первых, его можно было повторить и проверить, а во-вторых, усовершенствовать его методику. Но предлагаемые им самим конкретные исследования порой страдали аналогичными недостатками. Небольшой набросок этой части «Приготовление к естественной и экспериментальной истории, или План естественной и экспериментальной истории, способной служить надлежащим основанием и базой истинной философии» появился в 1620 году в одном томе с «Новым Органоном». Развернуть ее он хотел в большой работе «Естественная и экспериментальная история для основания философии или явления мира», состоящей из шести трактатов, но успел опубликовать только два — «Историю ветров» (1622 г,) и «Историю жизни и смерти» (1623 г.). Трактат «История плотного и разреженного и о сжатии и расширении материи в пространстве» был издан Раули в 1658 году. К остальным трем — «Истории тяжелого и легкого», «Истории симпатии и антипатии вещей» и «Истории серы, ртути и соли» (знаменитой триады ятрохимии) — Бэкон успел написать только предисловия. К тому же циклу следует отнести наброски «Исследование, касающееся магнита» (издан Раули в 1658 г.), «Вопросы и исследование, касающееся света и светящейся материи» (издан Грутером в 1653 г.) и ряд других. Наконец, назовем еще его обширный труд с трудно переводимым названием «Sylva Sylvarum, или Естественная история в десяти центуриях» (дословно это значит «Лес лесов»), который был опубликован Раули вместе с «Новой Атлантидой» в 1627 году. Он состоит из 1000 параграфов, разбитых на десять центурий (сотен). Каждый параграф содержал описание тех или иных наблюдаемых природных явлений и некоторых условий, объясняющих их. Факты были взяты из различных источников — из собственных наблюдений Бэкона, из сообщений других лиц, многие — из книг. При этом главными литературными источниками служили: «Метеорология» Аристотеля, псевдоаристотелевские «Проблемы», «Естественная история» Плиния, «Натуральная магия» Порты, «Путешествия» Сэндиса, «О тонкости» Кардано и «Против Кардано» Скалигера.
