В сентябре 1496 года, вновь следуя воле своего дяди, Коперник отправился в Италию изучать каноническое право, описывающее права и обязанности духовенства, в Болонском университете. Спустя всего лишь год он сам стал каноником. После смерти одного из шестнадцати каноников Вармии образовалась вакансия, и епископ Ватценроде применил свои связи, чтобы должность заочно досталась племяннику. Как четырнадцатый каноник кафедрального капитула (а фактически — член административного совета богатой и влиятельной Вармийской епархии) Коперник теперь мог получать доход помимо ежемесячного жалованья.
В Болонье он квартировал у местного профессора астрономии по имени Доменико Мария Новара, которому помогал в ночных наблюдениях. Они вместе смотрели, как Луна проходит перед яркой звездой Альдебаран (глаз созвездия Тельца) 9 марта 1497 года, и Коперник сделал запись о том, как звезда скрылась «за рогами полумесяца в конце пятого часа ночи».
В завершение учебы летом 1500 года он приехал в Рим на празднование юбилейного года. Многочисленные паломники утроили население Священного города, где толпа из двухсот тысяч человек встала на колени, чтобы получить пасхальное благословение от папы Александра VI. 6 ноября, все еще находясь в Риме, Коперник наблюдал и описывал частичное лунное затмение. Он также читал лекции по математике, причем как студентам, так и сведущим людям. Но его будущее, связанное с Церковью, уже было определено. 27 июля 1501 года он принял участие в собрании кафедрального капитула в Вармии вместе со своим старшим братом Андреасом, который также получил здесь пост каноника благодаря дяде Лукашу. Оба молодых человека попросили об отпуске, чтобы вернуться в Италию для дальнейшего обучения, и получили благословение капитула. Почти сразу же они направились в Падую, где Коперник изучал медицину, готовясь к карьере «врача-целителя» при епископе и канониках Вармии.
В своем романе «Доктор Коперник» Джон Бэнвилл представляет, как братья берут в дорогу «два прочных посоха, добротные плотные куртки, подбитые овчиной на случай альпийских холодов, огниво, компас, четыре фунта галет и бочонок соленой свинины». Это и другие подробные описания (в одном из которых «Николас» из соображений безопасности зашивает золотые монеты в подкладку своего плаща) заполняют пробелы в подлинной биографии, которую историки собрали по крупицам из немногочисленных изданных работ Коперника и редких архивных документов, где обнаруживается его имя. Из его корреспонденции на сегодняшний день сохранилось всего лишь семнадцать подписанных писем. (Из них три адресованы женщине, которая жила у него в качестве кухарки и прислуги, а также, вероятно, любовницы.)
