Около 1456 года глава гильдии Миколай Коперник, торговавший венгерской медью, переехал в Торн (Торунь), расположенный севернее Кракова, и женился на Барбаре Ватценроде. Они жили на узкой улице Се. Анны, позже переименованной в улицу Коперника, и воспитывали четверых детей в высоком кирпичном доме, где ныне расположен музей их знаменитого сына. Из двустворчатых дверей парадного входа под остроконечной аркой их двое мальчиков — Анджей и Николас — выходили в приходскую школу церкви Св. Иоанна или к семейному складу на берегу широкой реки Вислы, которая текла от Кракова через Торунь к Варшаве и служила торговым путем до Данцига и Балтийского моря.
Вскоре после того, как маленькому Николасу исполнилось десять лет, старший Николас умер. Лишившиеся кормильца дети и вдова Барбара Коперник обратились за помощью к ее брату Лукашу Ватценроде, мелкому клирику (канонику) близлежащей епархии. Хотя не исключено, что Барбара, дата смерти которой неизвестна, скончалась раньше мужа, а их потомки остались круглыми сиротами. Как бы то ни было, дети оказались под опекой дяди. Каноник Ватценроде поспособствовал заключению брачного договора племянницы Катерины с Бартелем Гертнером из Кракова, а ее сестру Барбару отдал в цистерцианский монастырь в Кульме. Своим юным племянникам он оплачивал учебу в школе, сначала в Торуни, а позже в Кульме или Влоцлавеке, пока их не подготовили к поступлению в его альма-матер — Ягеллонский университет в Кракове. К этому времени дядя Лукаш поднялся по католической иерархической лестнице до епископа Вармийского.
В архиве Коллегиум Майус Ягеллонского университета хранится страница текста, написанного готическим шрифтом и подтверждающая, что Николаус Коперникус, восемнадцати лет от роду, полностью оплатил свое обучение за осень 1491 года. Он изучал логику, поэзию, риторику, натуральную философию (естествознание) и математическую астрономию. Согласно учебному плану, медь, на которой зарабатывал его отец, и другие распространенные вещества не считались элементами в современном понимании периодической таблицы. Скорее, они представляли собой смешение четырех классических стихий: земли, воды, воздуха и огня. Небеса, напротив, целиком состояли из пятой субстанции (так называемого эфира), которая отличалась от прочих четырех, поскольку являлась неизменной и вечной. Обыкновенные предметы на Земле двигались более или менее прямо, находя естественные для себя места в окружающем мире или подвергаясь действию внешних сил. Небесные же тела лежали в небесных сферах как в коконах, вращающихся по вечным идеальным окружностям.
