В ноябре 1511 года капитул назначил Коперника своим канцлером, поручив ему следить за финансовой отчетностью и вести всю официальную переписку. Объем и частота этой переписки увеличились с внезапной смертью его дяди-епископа 29 марта 1512 года. Через неделю после кончины Лукаша Ватценроде (5 апреля) каноники встретились, чтобы избрать преемника. Они единогласно проголосовали за Фабиана Лузяньского (все, за исключением самого Фабиана, который написал на бюллетене имя другого кандидата). На следующий день каноники собрались снова и избрали Тидемана Гизе для проведения необходимой процедуры согласования с Ватиканом. К 1 июня капитулу потребовались еще два представителя, чтобы ответить на возражения короля против назначенного епископа. Король Сигизмунд не имел никаких конкретных претензий к Лузяньскому, просто он предпочитал ставить на такие должности собственных кандидатов. Борьба Рима, Кракова и Вармии из-за сана епископа продолжалась все лето и осень. 7 декабря Сигизмунд по новому соглашению наконец-то утвердил кандидатуру Лузяньского в обмен на право окончательного одобрения всех будущих кандидатов в епископы. Вдобавок он настоял, чтобы весь капитул присягнул на верность короне, что священники и сделали 28 декабря, уверенные в том, что король, со своей стороны, не забудет о своем обещании монаршего покровительства.
Лишь один каноник не подписал новое соглашение и отказался присягать на верность польскому королю. Это был брат Коперника — Андреас. Капитул освободил его от всех обязанностей во Фрауэнбурге, когда у него развилась проказа; опасаясь заражения, его заставили покинуть регион до формального введения в должность епископа Фабиана. Его не могли лишить канониката, дававшегося пожизненно, однако смерть должна была вскоре позаботиться об этом. Даже доктор Николай не мог ничего поделать с библейским проклятьем этой мучительной и обезображивающей болезни. Сразу же объявились желающие стать «коадьютором» Андреаса, то есть лицом, имеющим законные полномочия выполнять его прижизненные обязанности и получающим право на причитающееся ему жалованье после его смерти. Все без исключения каноники могли назвать какого-нибудь родственника, заслуживающего этого поста. Естественно, что свои кандидаты были и у короля Сигизмунда.
Когда Андреас уехал в Италию в поисках хоть какого-то утешения, Коперник получил новые обязанности по присмотру за мельницей, пекарней и пивоварней капитула. Они обеспечивали каноников хлебом и пивом, а также ими могли пользоваться крестьяне — за определенную плату, которую Копернику необходимо было собирать.
