Активная деятельность Николая Баумана и получение им в феврале 1668 года генеральского звания вызвали зависть к нему со стороны сослуживцев. В Немецкой слободе начались неприятности и стали строиться козни по отношению к Бауману, пастору Грегори и приехавшему доктору Блюментросту. Фокерот, по личным соображениям, с корыстными целями перешел в этой «гражданской войне местного значения» в лагерь противников Баумана. В распри были включены и многие прихожане-лютеране.
Ситуация приняла серьезный оборот, и разборкой дела пришлось заниматься правительственным органам, в том числе Посольскому приказу.
Главными соперниками стали пастор Фокерот и претендент на его место Иван Грегори. Бауман активно поддерживал Грегори.
И как прежде, только до царя дошли сведения о междуусобицах в Немецкой слободе между пасторами, государь повелел сломать источник конфликта — новую кирку. Тогда Бауман, всегда опекавший этот приход, решил перевезти кирку в свой собственный сад. Он начал хлопоты по восстановлению лютеранской кирки и купил рядом со своей землей, по переулку к Яузе, у соседа капитана Буларта весь его участок, состоявший из двух частей в 20 и 28 квадратных сажен, а также 6 сажен из участка живописца (из Голландии) Петра Инглиса.
На этой просторной земле Бауманом и была построена перенесенная церковь. Здесь пастором стал служить Иван Грегори, оказавшийся на редкость талантливым проповедником.
Приход составляли бывшие прихожане из лютеранской церкви, что стояла на дворе Якоби. Сад Баумана (бывший в Немецкой слободе, а не современный Парк культуры и отдыха имени Н. Э. Баумана на Ново-Басманной улице) был расширен так, что церковь очутилась среди красивых растений. Это свое детище Николай Бауман назвал «тюльпаном».
Вскоре оставшиеся без церкви сторонники Фокерота добились разрешения и построили на прежнем месте новое церковное здание.
Таким образом, в Немецкой слободе оказались три лютеранские церкви: каждая со своим приходом и пастором. В первой — «старой» лютеранской кирке — пастором служил Валтасар Фадемрехт, проповедником был Александр Юнг. В другой, отстроенной на месте «офицерской», — пастор Фокерот, и в Бауманской («тюльпане») — пастор Иван Грегори.
При церкви Баумана была заведена новая школа, где пастору Грегори помогал выписанный в Москву ректор Нарвской школы Герард Линау. Благодаря содействию немецкого герцога Эрнста (что известно из его письма от 8 января 1670 года), община сделала школу бесплатной.
