Весьма важным было то, что лютеране по духу своего учения, в отличие от католиков, не вмешивались в политические дела России и не проводили духовную пропаганду.
При царе Борисе Годунове была построена просторная кирка в Белом городе у Покровских ворот, недалеко от церкви Св. Николая в Столпах. В 1600 году в старой лютеранской кирке у Яузы был избран пастор Мартын Бер. О точном ее местонахождении сказать трудно. Предполагается, что у этого притока Москва-реки было старинное поселение немцев.
По преданию, тот же царь, с дружеским расположением и для большего удобства датчан, предложил построить другую лютеранскую кирку… в самом Кремле. Эту церковь поспешно соорудили на площади вблизи Гостунского собора. Царь на свои средства поставил здесь же деревянную колокольню и повесил на ней три колокола. Прихожанами церкви была свита принца и немецкие рейтеры, служившие при государе.
Однако бояре и простой московский народ не одобрили такую веротерпимость и инициативу Годунова. Иноверческую церковь в недрах самого Кремля, где хранились святыни отечественной Церкви, сочли за поругание национального достоинства. Поэтому новое строение оставалось здесь совсем недолго.
При Отрепьеве, в 1606 году, во Дворец для богослужений был вызван пастор Мартын Бер. Здесь он говорил лютеранские проповеди для капитанов, докторов и других немцев, которым было далеко ходить в немецкую кирку к Яузе.
После Ляхолетья для постройки лютеранской кирки отвели землю на Моховой улице, где позднее было определено место для университета. Но о ее судьбе ничего не известно.
В 1616 году бывшие в Москве лютеранские церкви разделились на Старую и Новую. Москвичи их называли ропатами и молитвенными избами.
Первый Романов-царь (Михаил Федорович) в 1629 году пожаловал землю для построения церкви реформатам за Земляным валом, где в 1639 году была построена первая реформатская деревянная кирка, а в 1684 — уже каменная. Через одиннадцать лет там на Большой Немецкой улице, напротив старого Сената, по ходатайству Франца Лефорта была сооружена обширнейшая каменная церковь со школой. А лютеранам в том же районе за Земляным городом в 1635 году была отведена слобода, впоследствии названная Новою Иноземскою. Новою она именовалась потому, что в Москве ранее находились еще две иноземские слободы: одна — за Яузскими воротами, а другая — у Крымского двора за Москва-рекой (Наливки).
Царским указом 2 марта 1642 года было велено «сломать немецкие ропаты в Китае, Белом и Земляном городах».
