На помощь машинам с крестами поспешила авиация. Самолетов налетело очень много. Не желая рисковать, железняковцы решили уйти в тоннель. Летящую неприятельскую армаду они встретили дружным огнем. «Мессеры» и «юнкерсы» чувствовали себя в небе не совсем уютно. Бомбы летели мимо цели. Но все же одна из них попала в железнодорожную колею. Это был излюбленный способ борьбы противника с советскими бронепоездами. Опять предстоял ремонт под непрерывным огнем вражеской артиллерии и авиации. Выяснилось, что рельсы так исковерканы, что ставить их обратно на место нельзя, а на контрольной платформе запаса рельсов нет. Кто-то подсказал, что на станции Мекензиевы Горы их лежит множество. И ничего, что там на станции сейчас фашисты. На полном ходу ворвался туда бронепоезд, как обычно, стреляя по удивленному и ошарашенному неожиданностью противнику с обоих бортов, остановился, взял к себе на контрольную платформу с десяток рельсов и помчался назад. Полотно было исправлено. «Железняков» направился в Цыганский тоннель, в свое убежище. Фашисты в ярости вновь подняли бомбардировщики. Едва бронепоезд втянулся в тоннель, как ударом бомбы вход в него был завален. Но ведь у тоннеля есть и выход… Ночью бронепоезд отправился в свой очередной огневой рейс с другой стороны.
Вскоре «Железняков» передислоцировался в Троицкий тоннель, ближе к черте города. Там уже спасались от бомбежек около 400 жителей. Стали возникать проблемы с заправкой бронепоезда, со снабжением продовольствием горожан.
«Железняков» продолжал жить и воевать. Днем, когда бронепоезд был в тоннеле, бойцы снимали с платформ минометы и вели огонь по противнику. Ночью совершали недалекие вылазки для огневых налетов.
26 июня 1942 года под ударами авиабомб рухнул потолок тоннеля, завалило вторую бронеплощадку. Там были бойцы. Пятерых удалось спасти. Двенадцать оказались погребенными.
Фашисты посчитали «Железнякова» захороненным в тоннеле. Но в ближайшую же ночь бронепаровоз и первая бронеплощадка совершили три огневых налета через противоположный, свободный выход.
Налеты вражеской авиации следовали один за другим. Весь день над тоннелем стоял вой самолетов и грохот бомб. Подъездные пути были разбиты, оба входа в тоннель завалены. Но железняковцы не сложили оружия. С наступлением темноты, а июньские ночи самые короткие, было решено проложить железнодорожную колею на несколько десятков метров, и тогда «Железняков» выйдет в свой очередной 140-й огневой рейс. Этот рейс состоялся, но оказался последним.
