Наука помимо развития мореходства, градостроительства, горнозаводского дела создавала и естественнонаучную картину мира. Вот тут уж православная церковь не собиралась делать никаких уступок. Некоторое успокоение вносили искренние, как правило, заверения ученых: «А чтобы мог быть в мире человек, который бы как глуп или злонравен ни был, а бога быть не верил, того верить не можно» (93, 17). Вместе с тем нельзя было не заметить, что именно ученые «между тем всем о натуре воспоминают: яко бы натура всякое благодеяние и дарование жителям и всей дает твари; и тако вкрадчися, хитрят везде прославить и утвердить натуру, еже есть жизнь самобытную» (цит. по: 76, 1, 511). Так отзывался об авторах книг, содержащих новые естественнонаучные воззрения, директор Петербургской типографии М. П. Аврамов. Прославление и утверждение натуры, понимаемой как «жизнь самобытная», сильно напоминали атеизм. Относительно последнего духовенство обретало полное единство и готово было принять меры, с помощью которых «Афеисм генерально рассуждаемый, имеющий за фундамент, первой материи вечное и всегдашнее бытие существенно, а не случайно нужное, такожде разрушается» (97, 8).
Возникла проблема, можно ли отделить утилитарную сторону науки от мировоззренческой, сохранить первую и отсечь вторую. Среди духовенства многие подозревали, что наука и атеизм связаны очень прочно. Ученые «не хотели или не хотят еще ничего допустить, разве чтоб разумом своим постигнуть им было можно. ...оттуда и Натуралисты, Афеисты и другие богомерзкие и душам благочестивых людей нестерпимые имена произошли в свете, и происходят»,— писал один из придворных проповедников, Гидеон Криновский (18, 2, 3). Назревало решение объявить единый поход против «натуралистов, фармазонов и ожесточенных безбожников...» (18, 1, 106). Однако государство не могло обойтись без ученых, и нереальность тотального похода против науки становилась все очевиднее. Оставалась одна возможность — пытаться отсечь от науки то новое мировоззрение, которое она несла с собой. При этом приходилось думать и о методах отсечения. Орудовать «огнем и мечом» по примеру западной церкви прошлых лет было уже поздно. Изучить это мировоззрение, попытаться изменить его, одновременно модернизируя, пусть частично, религиозные догмы, православие не стремилось; оставался путь цензурных запретов и анафем. Малая самостоятельность русской церкви прививала ей навыки постоянной координации своих усилий с государством. Запрет нередко следовал за совместным решением церковных и светских властей, принятым после доклада синода монарху о книгах, «противных вере и нравственности». В одном из таких докладов императрице Елизавете содержался донос на сделанный А. Кантемиром перевод «безбожной» книги Б. Фонтенеля «Разговоры о множестве миров». В ответ были выработаны меры против распространения «коперниковской ереси» (99, 7—8).
