В конце 50-х — начале 60-х годов Ломоносов руководит академическим университетом. Постепенно ему удается наладить систематическое чтение лекций, упорядочить экзамены. В эти годы более 60 студентов были его непосредственными учениками. Из академического университета вышли М. Е. Головин, В. Ф. Зуев, П. Б. Иноходцев, И. И. Лепехин и др. Но после смерти Ломоносова университет довольно скоро прекратил свое существование. Академическая гимназия закрылась в 1805 г.
Преодолевая враждебное отношение академического руководства, «недоброхотов Российским ученым», к развитию университетского образования в России (в петербургской академической среде часто можно было услышать, что университет здесь «не надобен», «куда столько студентов и гимназистов» (53, 54)), Ломоносов предлагает основать университет в Москве и разрабатывает программу его устройства. Реализовать такой серьезный проект можно было только с помощью и участием влиятельных при дворе вельмож. Передвижка фаворитов императрицы Елизаветы Петровны придала силы сторонникам И. И. Шувалова — противника Алексея Разумовского, наиболее приближенного к императрице человека, и его брата Кирилла, пятьдесят лет сохранявшего в своих руках пост президента Петербургской Академии наук. Шувалов проявлял интерес к творчеству Ломоносова, главным образом поэтическому, между ними установились довольно тесные контакты, поэтому были определенные основания рассчитывать на поддержку вельможи. Предложения Ломоносова с незначительными изменениями пошли в сенат как «Доношение» от имени И. И. Шувалова.
Среди преимуществ Москвы в качестве университетского города подчеркивались: «1) великое число в Москве живущих дворян и разночинцев; 2) положение столицы в сердце Русского государства» (94, 7). Пункт первый свидетельствовал, что университет будет открыт не только для дворян, но и для разночинцев. Создавались три факультета: философский, включающий физико-математическое и словесное отделения, медицинский и юридический. Богословский факультет, являющийся непременной принадлежностью западноевропейских университетов, не предусматривался.
С открытием в 1755 г. Московского университета в России возник новый центр науки, просветительская роль которого была необычайно велика. В Петербургской Академии разрабатывалась преимущественно естественнонаучная тематика. В университете большое место занимали исследования гуманитарных и социальных проблем; там также читались общедоступные лекции о значении науки, по различным отделам физики, химии, медицины; устраивались публичные диспуты студентов. В его типографии печатались произведения французских энциклопедистов, научные труды, научно-популярная, художественная и учебная литература.
