В то время как гражданская администрация могла опираться исключительно на представителей союзов деревень, существовавших в нескольких округах, ей противостояли сразу несколько сил, среди которых были лидеры ООП и поддерживавшие их радикально настроенные мэры городов и студенты университетов, а также власти Иордании, видевшие в деятельности союза деревень угрозу своей борьбе за возвращение утерянных в 1967 году территорий. Против создания гражданской администрации выступал и ряд политиков внутри самого Израиля, опасавшихся, как бы ее действия не открыли путь к созданию автономного или даже независимого палестинского образования.
В марте 1982 года на Западном берегу и в секторе Газы начались серьезные выступления протеста против гражданской администрации. Мэр города Эль-Бире отказался сотрудничать с ней и был смещен с должности и временно заменен израильским офицером. Мэры многих палестинских городов публично заявили о своем намерении бороться с гражданской администрацией. Хотя в течение последующих нескольких недель были арестованы и смещены со своих постов еще несколько мэров, волнения распространялись на все новые и новые города Западного берега. Дестабилизация ситуации на Западном берегу привела к отставке Менахема Мильсона и назначению на пост главы гражданской администрации в сентябре 1982 года полковника Игаля Кармона.
В секторе Газы также начались волнения. Помимо собственно факта создания гражданской администрации, их причинами послужили попытка собрать недоимки по налогу на добавленную стоимость, а также постепенный отход Израиля с Синая и перспектива разделения города Рафиаха на две части между Израилем и Египтом (так как граница между странами проводилась по британской мандатной границе безотносительно к последующим тенденциям развития ситуации).
Можно привести несколько причин того, что деятельность гражданской администрации в первые годы после ее создания была неудачной. Прежде всего, едва ли удачным было само назначение на пост ее главы М. Мильсона, который фактически не имел возможностей проводить ту политику, которую сам он считал перспективной. Вероятно, что еще одна причина неудачи гражданской администрации кроется в ее попытке создания альтернативной палестинской элиты, что не могло не вызвать раздражения и, как следствие, конфронтации с мэрами городов, поддерживавших ООП. Кроме того, гражданская администрация не смогла предотвратить отдельные провокационные действия со стороны радикально настроенных израильских поселенцев по отношению к палестинцам, что также подорвало доверие к ней местного населения. Наконец, само создание израильской гражданской администрации вместо обещанной палестинской автономии, о которой говорилось в «Рамочном соглашении» между Израилем и Египтом, вызвало горечь и разочарование местных арабских лидеров. Все эти причины, сложившись вместе, привели к провалу деятельности гражданской администрации. Между тем израильское руководство не сочло нужным вернуться к прежней модели управления. В таком виде, разделенная на военную и гражданскую, израильская администрация на контролируемых территориях просуществовала вплоть до начала первой интифады.
