В конце 1939 года С.А. Бандера и В. Тымчий-Лопачинский ездили в Рим, в Италию для встречи с новым Проводником ОУН полковником А. Мельником для согласования политических разногласий. Договориться не удалось – произошел раскол ОУН на «мельниковцев» и «бандеровцев». Главным разногласием были отношения с Германией – А. Мельник хотел опереться на неё, С.А. Бандера категорически возражал. Были и другие серьезные причины. Дошло до того, что «мельниковский» трибунал вынес смертный приговор С.А. Бандере и нескольким его соратникам, однако даже не попытался когда-нибудь его выполнить.
Вернувшись в Краков С.А. Бандера и его соратники в феврале 1940 года создали Революционный Провод ОУН во главе со Степаном Бандерой. В апреле 1941 года Революционный Провод ОУН созвал II Большой Сбор ОУН, единогласно выбравший Проводником ОУН Степана Андреевича Бандеру.
РУН проводит организационную работу на украинских землях, создает походные группы ОУН для опережения немцев и объявляет об установлении Украинской власти на новых территориях, организует подполье, ведет освободительную борьбу. Перед начало Великой Отечественной войны С.А. Бандера создает Украинский Национальный комитет, консолидирующий все украинские силы для борьбы за государственность.
Против методов гитлеровцев необязательными обещаниями добиваться сотрудничества Украины для борьбы с большевиками, а выполнение обещаний откладывать до окончания войны, Степан Бандера выдвинул систему совершенных фактических действий, – собственной конкретной политикой и борьбой заставить Германию окончательно принять принцип суверенности, или преждевременно раскрыть свои империалистические цели и потерять симпатии и поддержку Украины и других народов, которые ждали от войны освобождения.
30 июня 1941 года, через неделю после нападения Германии на СССР, передвижные группы ОУН во Львове по радио провозгласили восстановление Украинской державы. Новая украинское правительство возглавил соратник С.А. Бандеры Ярослав Стецько. Почти тут же А. Гитлер поручил гестапо ликвидировать этот «сговор украинских самостийников». С.А. Бандеру пригласили на переговоры по делу о невмешательстве Германии в суверенные права Украинской державы и обманом арестовали. Они расстреляли или посадили в тюрьму тысячи украинских националистов. ОУН перешла в подполье и в 1942 году организовала Украинскую Повстанческую Армию – УПА.
С.А. Бандера полтора года просидел в Берлине в полицейской тюрьме, еще полтора года – концлагере Захсенхаузен. Осенью 1944 года он был освобожден – гитлеровцы безуспешно пытались сделать его союзником в войне против Советского Союза, зная его популярность на Украине. Немецкое предложение С.А. Бандера решительно отклонил и на сотрудников с фашистами не пошел.
