Остготский король Витигес не смог довести до благополучного конца осаду Рима и в конце концов попал в плен к Велизарию. Остготы считали его изменником, и на престол вступил Тотила (541–552), использовавший в этот момент революционную борьбу рабов и колонов, которые выступили против гнета крупных землевладельцев. Тотила отвоевал потерянные области и вступил в 546 г. в Рим, откуда спешно эмигрировали в Византию имущие элементы, опасавшиеся «тирании черни». Среди бежавших был и папа Вигилий. Он скрывался сначала в Сицилии, а затем в течение 10 лет находился в Константинополе, где одобрил ряд мер в пользу монофизитов, считавшихся до того папским Римом еретиками.
Цезарепапизм Юстиниана и превращение папы в орудие императора вызвали недовольство в Италии, Африке и Галлии. Стали открыто говорить о церковном отделении Запада от Востока. В страхе перед расколом Вигилий изменил позицию и выступил против монофизитства. В ответ Юстиниан распорядился вычеркнуть Вигилия из диптиха, т. е. из списка лиц, достойных особого уважения церкви. Вигилий дважды писал покаянные письма и получил от Юстиниана разрешение вернуться в Рим, но по дороге он скончался в том самом 555 г., когда пало Остготское королевство и Италия на короткое время стала частью Византийской империи.
Юстиниан отправил из Константинополя в Рим диакона Пелагия, чтобы его «избрали» папой. Полководец Нарсес, заменивший Велизария и являвшийся фактически диктатором Рима, в точности исполнил волю Юстиниана.
Однако в течение десяти месяцев не нашлось духовного лица, готового посвятить «избранного» Пелагия; наконец, два пресвитера уступили воле Нарсеса, и Пелагий стал «законным» папой (556–561). Окруженный солдатами, Пелагий I предстал перед народом, с «удовлетворением» принявшим к сведению заявление нового папы о том, что он никакого зла не причинил Вигилию и что последний «в бозе почил так, как и его предшественники». Молва, однако, обвиняла его не только в аресте Вигилия, но и в смерти его, и даже до настоящего времени такие «благочестивые» историки, как Зеппельт и Девриес, не хотят признать непричастность Пелагия к гибели Вигилия. Это объясняется, вероятно, тем, что ряд епископов в Италии вычеркнул имя Пелагия I из диптиха, и папа, несмотря на всякие заверения о независимости от монофизитского императора, не мог добиться внесения себя в список «заслуженных деятелей церкви».
Еще сильнее было недовольство папой в Галлии. Франкский король Хильдеберт I потребовал от Пелагия разъяснения о христианской религии. Собственноручный ответ папы вызвал нападки на «хамелеона» Пелагия, и митрополиты Милана и Аквилеи заявили о своем выходе из «римской церкви». Начались взаимные отлучения от церкви. В разгаре этих событий Пелагий умер, и император Юстиниан поспешил издать распоряжение, чтобы после избрания нового папы до его посвящения требовалось, в качестве предварительного условия, императорское утверждение. Тем самым глава западной церкви был приравнен к патриархам восточной части империи.
