Первое делопроизводство (декабрь 1880—1917) — распорядительное, заведовало общеполицейскими делами, распределением кредитов и личным составом общеполицейской части. В 1907 году дела о кредитах и пенсиях были переданы в Третье делопроизводство, а оттуда в Первое делопроизводство поступили дела о политической благонадежности чинов полиции;
Второе делопроизводство (декабрь 1880—1917) — законодательное, занималось составлением полицейских инструкций, циркуляров и подготовкой законопроектов, а также ведало организацией полицейских учреждений в России;
Третье делопроизводство (декабрь 1880—1917) — секретное, до 1 января 1898 года осуществляло политический сыск, гласный и негласный надзор, борьбу с политическими партиями и массовым движением, охрану царя, руководство заграничной агентурой, а также наружным и внутренним наблюдением на территории России. После 1 января 1898 года большая часть функций Третьего делопроизводства перешла в Особый отдел;
Четвертое делопроизводство (февраль 1883—1902, 1907—1917) —наблюдательное, производило надзор за ходом политических дознаний в губернских жандармских управлениях, после 1907 года — надзор за массовым рабочим и крестьянским движением, легальными организациями;
Пятое делопроизводство (февраль 1883—1917) осуществляло гласный и негласный надзор,
Шестое делопроизводство (1894—1917) наблюдало за изготовлением, хранением и перевозкой взрывчатых веществ, ведало разработкой и реализацией фабрично-заводского законодательства, с 1907 года выдавало справки о политической благонадежности лицам, поступавшим на государственную службу или в земство,
Седьмое делопроизводство (1902—1917) наследовало у Четвертого делопроизводства наблюдение за дознаниями по политическим делам, ведало составлением справок о революционной деятельности лиц, привлеченных к следствию по делам о государственных преступлениях, с 1905 года занималось составлением циркуляров о скрывшихся обвиняемых,
Восьмое делопроизводство (1908—1917) заведовало сыскными отделениями — органами уголовного сыска, школой инструкторов и фотографией Департамента полиции;
Девятое делопроизводство (1914—1917) занималось контрразведкой и надзором за военнопленными.
Кроме перечисленных делопроизводств в Департаменте полиции имелись Инспекторский отдел (1908— 1912), возглавлявшийся директором Департамента полиции и выполнявший ревизии полицейских учреждений, и Особый (политический) отдел (1898— 1917) — главный штаб политического сыска, который состоял из: Первого отделения, занимавшегося общей перепиской; Второго отделения по делам партии социалистов-революционеров, Третьего отделения по делам социал-демократической партии, Четвертого отделения по делам общественных организаций национальных окраин; Пятого отделения по разборке шифров, Шестого отделения, занимавшегося следствием; Седьмого отделения, выдававшего справки о политической благонадежности, Агентурного (секретного) отдела (1906—1917) и Секретной части (канцелярии). В составе Особого отдела находились специальная картотека, содержавшая карточки со сведениями о пятидесяти пяти тысячах политически неблагонадежных, коллекция фотографических снимков двадцати тысяч лиц, проходивших по политическому сыску, и библиотека нелегальных и запрещенных изданий
