Как всегда, загадкой остаются необычайные погребения. Так, например, в двух случаях были обнаружены скелеты, захороненные без черепа. При этом у одного покойника после смерти были отрублены также и фаланги пальцев рук и ног. А у второго вместо головы лежала большая тыква, тогда как рядом с правой рукой оказалось небольшое золотое ожерелье с шестью жемчужинами.
Весь инвентарь старались поместить в основном рядом с головой покойника. В обязательном порядке умершего снабжали большими и маленькими сосудами-мисками из разбитых пополам тыкв. Остальные предметы встречаются в единичных случаях: глиняная отвеска для кручения ниток, жемчужины из ожерелья, красный керамический сосуд, покрытый белыми полосами.
Что могут означать изменения в погребальном обряде? Естественно, что подобное происходит при смене религиозных представлений. Но каким образом произошла эта смена в те далекие времена? Было ли это принятие населением иной духовной системы, как, например, происходит в любом регионе при появлении христианства? Или же появление совсем другого населения? Археолог Карлос Аревало склонен полагать, что третий тип захоронений безусловно свидетельствует о значительных изменениях, произошедших в жизни региона. По мнению местных антропологов, виновником оставления долины коренным населением является феномен Эль-Ниньо, регулярно приводящий к похолоданию и изменению пищевого рациона. Анализ состава пищи, проведенный по скелетным материалам из погребений, показывает следующее: около 400 года до н. э. на Тихоокеанском побережье появляется новое население. Это население несет свои хозяйственные традиции, основанные на рыбной ловле и земледелии. Многие теплолюбивые животные, употреблявшиеся в пищу на ранних этапах Чавина, позже исчезают из пищевого рациона. Любопытно, что изменение фауны нашло свое отражение и в иконографии. На ранних этапах мы видим изображения этих животных, а на поздних их уже никто не знает и не рисует.
Говоря о смене формы захоронения и пищевом рационе, мы лишь констатировали некие изменения, произошедшие в жизни чавинцев в середине I тысячелетия до н. э. Но были ли эти изменения прогрессивными? Об этом позволяет судить анализ керамических изделий. Как оказалось, керамика ранних периодов отличается изысканностью как в создании формы, так и в нанесении орнамента. На самом раннем этапе это были круглодонные сосуды с рельефным орнаментом. В классическом периоде появилась изящная черная фигурная плоскодонная посуда с рельефным сложным орнаментом. И вдруг на позднем этапе изящество исчезает и появляется лишь сравнительно простая, вновь круглодонная, но достаточно грубая посуда. Сосуды могли быть с широким и коротким вертикальным или отогнутым горлышком («ночные горшки»!), без краски или примитивно покрыты красной краской с вертикальными грубыми белыми полосами.
