После смерти отца в 1157 г. Андрей был приглашен на суздальский княжеский престол «занеже бе любим всеми за премногую его добродетель». Первым шагом нового князя стало изгнание из Суздальской земли младших братьев Михаила и Всеволода, которым Юрий Владимирович завещал суздальский престол, племянников – детей умершего к этому времени старшего брата Ростислава, и отцовских бояр. Тем самым Андрей Юрьевич показал, что «хотя самовластец быти всей земли Суздальской». В качестве стольного града он избрал Владимир, противопоставив его старым центрам княжества. Став наиболее могущественным князем на Руси, Андрей активно вмешивался в дела других русских княжеств, ходил походами на половцев в 1162 г., на волжско-камских булгар в 1164 г.
В 1160 г. Андрей Юрьевич направил к новгородцам посла со словами: «Хочу искать Новгорода добром и лихом», а вслед за этим неоднократно принуждал новгородцев принимать в качестве князей своих ставленников. В 1170 г. новгородцы наголову разбили суздальское войско, направленное на вольный город в отместку за нападение двинских данщиков Новгорода на суздальцев. Множество суздальцев было взято в плен. Пленных было так много, что новгородцы продавали их, прося за каждого втрое меньше, чем за овцу. Однако, воспользовавшись неурожаем 1170 г., Андрей Юрьевич перекрыл поступление в Новгород продовольствия из своих владений. Новгородцы вынуждены были пойти на поклон владимиро-суздальскому князю: на новгородский стол был приглашен его ставленник Рюрик Ростиславич, которого два года спустя сменил сын Андрея Юрьевича Юрий.
В 1169 г. Андрей, сформировав коалицию из 11 князей, направил объединенное войско во главе со своим сыном Мстиславом на Киев. После трехдневного сражения столица Южной Руси была взята «на щит» и подверглась опустошению. «Бысть в Киеве, – свидетельствовал летописец, – в всих человецех стенание и туга и скорбь неутешимая и слезы непрестаньныя».
Получив в 1157 г. титул великого князя киевского, Андрей в отличие от отца не переехал туда, а отдал Киев своему младшему брату Глебу, оставшись до конца своих дней на севере. Андрей Боголюбский стал первым русским князем, отделившим титул великого князя от места пребывания носителя этого титула и тем самым придавшим ему авторитет верховной власти. После смерти Глеба в 1161 г. Андрей Юрьевич посадил в Киеве одного из смоленских князей – Романа Ростиславича, но, когда до него дошли слухи, что тот не желает ему повиноваться, повелел изгнать Романа из южной столицы. Роман и его братья решили воспротивиться воле великого князя. Новая смута продолжалась вплоть до кончины Андрея Юрьевича.
