В 1887 году Зубатов был разоблачен и объявлен «провокатором», и в одном из рабочих кружков даже было принято решение его убить. После этого ему было предложено перейти на службу в полицию, и с 1 января 1889 года он был зачислен в штат Московского охранного отделения. Много лет спустя в письме к В.Л. Бурцеву Зубатов признавался: «Справедливость требует добавить, что в кратковременный период контрконспиративной деятельности (несколько месяцев) имело место два-три случая, очень тяжелых для моего нравственного существа, но они произошли не по моей вине, а по неосмотрительности и из-за неумелой техники моих руководителей»>{53}. В Московском охранном отделении Зубатов работал на должности чиновника особых поручений. Он возглавил работу с секретной агентурой, как человек, «вполне знакомый с ее деятельностью». Во время службы в охранном отделении Зубатов проявил «исключительные способности» по склонению революционеров к даче откровенных показаний и оказанию ими секретных услуг политическому розыску.
За успехи в борьбе с революционерами Зубатов стал получать повышения по службе. В 1894 году он стал заместителем начальника Московского охранного отделения, а в 1896 году, после отставки Н.С. Бердяева, — начальником Московского охранного отделения.
Основой работы полиции при Зубатове была внутренняя агентура — секретные сотрудники, внедренные в ряды революционных или общественных организаций и поставлявшие необходимую полиции информацию.
Жандармский ротмистр Н.С. Бердяев, отмечая значение секретной агентуры, писал в одном из донесений: «Вся сила нашего дела заключается в агентуре; последняя же может быть приобретаема тогда, когда у революционеров нет в руках фактов, не доверяться учреждению, которое приглашает их в сотрудники». Сходной точки зрения придерживался и Зубатов, требовавший от своих сотрудников относиться к агентуре, как к любимой женщине, с которой они находятся в тайной связи. Уже, будучи в отставке, он писал: «…Агентурный вопрос (шпионский — по терминологии других) для меня святое святых… Для меня сношения с агентурой — самое радостное и милое воспоминание. Больное и трудное это дело, но как же при этом оно и нежно».
Осведомленность охранного отделения была поднята на небывалую высоту. В революционных кругах Москву стали считать гнездом «провокации», а имя Зубатова произносилось с ненавистью. Заниматься в Москве революционной работой считалось безнадежным делом. При Зубатове Московское охранное отделение стало настоящей школой для стажировки полицейских чинов, работавших с осведомителями. Спиридович, некоторое время работавший под началом Зубатова в Московском охранном отделении, вспоминал, как тот не раз обращался к офицерам со своеобразным напутствием. «Вы, господа, — говорил он (Зубатов), — должны смотреть на сотрудника как на любимую женщину, с которой вы находитесь в нелегальной связи. Берегите ее, как зеницу ока. Один неосторожный ваш шаг, и вы ее опозорите. Помните это, относитесь к этим людям так, как я вам советую, и они поймут вас, доверятся вам и будут работать с вами честно и самоотверженно. Штучников гоните прочь, это не работники, это продажные шкуры. С ними нельзя работать. Никогда и никому не называйте имени вашего сотрудника, даже вашему начальству. Сами забудьте его настоящую фамилию и помните только по псевдониму. Помните, что в работе сотрудника, как бы он ни был вам предан и как бы он честно ни работал, всегда, рано или поздно, наступит момент психологического перелома. Не прозевайте этого момента. Это момент, когда вы должны расстаться с вашим сотрудником. Он больше не может работать. Ему тяжело. Отпускайте его. Расставайтесь с ним. Выведите его осторожно из революционного круга, устройте его на легальное место, исхлопочите ему пенсию, сделайте все, что в силах человеческих, чтобы отблагодарить его и распрощаться с ним по-хорошему. Помните, что, перестав работать в революционной среде, сделавшись мирным членом общества, он будет полезен и дальше для государства, хотя и не сотрудником; будет полезен уже в новом положении. Вы лишаетесь сотрудника, но вы приобретаете в обществе друга для правительства, полезного человека для государства».
